Grupos de investigación
RNOMICA TEÓRICA Y COMPUTACIONAL
Presentacion
Es un grupo de caracter interdisciplinario que tiene como objeto el estudio RNAs desde el punto de vista genómico y postgenómico. Las actividades del grupo se desarrollan gracias a la integración de conceptos de las ciencias biológicas, la química, las matemáticas y las ciencias de la computación. Como meta a corto y mediano plazo propende por la creación de herramientas computacionales, construcción de modelos para resolver preguntas básicas de la biología y evolución de los RNAs y de aplicación en diferentes áreas como la medicina y sectores afines.
Líder
Sedes
Bogotá
Dependencias
2- FACULTAD DE CIENCIAS
Otras dependencias
  • 2- INSTITUTO DE GENÉTICA
Planes de estudio
  • BIOLOGÍA - SEDE BOGOTÁ ACUERDO 033
  • MAESTRIA EN CIENCIAS - BIOLOGIA
  • MAESTRIA EN NEUROCIENCIAS
  • MAESTRÍA EN BIOINFORMÁTICA
  • DOCTORADO EN CIENCIAS BIOLOGIA
Agendas de conocimiento
Tecnologías de la Información y Comunicaciones
Agendas del conocimiento secundarias
  • Tecnologías de la Información y Comunicaciones
  • Biotecnología
Áreas OCDE
Ciencias naturales - Ciencias de la computación y ciencias de la información
Áreas OCDE secundarias
  • Ingeniería y tecnología - Biotecnología ambiental
  • Ciencias médicas y de la salud - Biotecnología en salud
  • Ciencias agrícolas - Biotecnología agropecuaria
  • Ciencias naturales - Ciencias de la computación y ciencias de la información
Lineas de investigación
  • BIOLOGÍA EVOLUTIVA
  • ANÁLISIS GENÓMICO COMPARATIVO PARA IDENTIFICAR GENES DE RIESGO
  • MATEMÁTICAS APLICADAS A LAS CIENCIAS
  • MODELAMIENTO DE DATOS MOLECULARES DE RNAS
  • MODELAMIENTO DE ESTRUCTURA DE ACIDOS NUCLEICOS
  • BIOLOGÍA COMPUTACIÓNAL
  • INGENIERÍA BIOMEDICA, BIOINFORMÁTICA Y MEDIO AMBIENTE
  • EVOLUCIÓN A ESCALA GENÓMICA
  • MODELADO Y SIMULACIÓN
  • GENOMICA COMPARATIVA
  • ANÁLISIS DEL TRANSCRIPTOMA
Enfoque estratégico
Es un grupo de caracter interdisciplinario que tiene como objeto la modelación de datos genómicos y postgenómicos de RNAs y moléculas afines. Propende por el uso integrado de conceptos de las ciencias biológicas, la química, las matemáticas y las ciencias de la computación para resolver problemas en el área. Como meta a corto y mediano plazo propende por la creación de herramientas computacionales, construcción de modelos para resolver preguntas básicas de la biología y evolución de los RNAs y de aplicación en diferentes áreas como la medicina y sectores afines.
Prioridades de investigación
1. Investigación sobre RNomica por medio del trabajo de laboratorio en biocomputo in situ. 2. Análisis de datos genómicos, postgenómicos utilizando técnicas de modelaje de estructuras secundarias de RNAs y su relación con la función en la célula. 3. Aplicaciones de las matemáticas para modelamiento del RNA y del transcriptoma. 4. Aplicación de matematicas discretas al modelaje de datos genómicos y postgenómicos 5. Modelación de comunidades desde perspectivas ómicas
Perspectiva interdisciplinaria
El grupo de investigación ha consolidado trabajo internacional con el grupo de Bioinformática de la Universidad de Leipzig y El Max Plank para Matemáticas aplicadas en la Ciencia en Leipzig, Alemania. Igualmente el grupo de Matemáticas aplicadas de la Universidad de Ljubljana en Slovenia es colaborador activo.
Integrantes
Proyectos
Productos
  • Joseph Alape Ariza, Arbey Hernán Medina Rocha, Rodrigo Cabrera Pérez, Clara Isabel Bermudez-Santana, Next-generation se- quencing of postmortem molecular mark- ers to support for medicolegal autopsy Av. Carrera 30 # 45-03 - Ciudad Universitaria Edificio 421, Biología (+57 1) 3165237 - (+57 1) 3165000 EXT: 11305 Bogotá, D. C., Colombia depbiolog_fcbog@unal.edu.co [ Página 17 de 26 ] Elaboró: Clara Isabel Bermúdez Santana P R O Y E C T O C U L T U R A L , C I E N T Í F I C O Y C O L E C T I V O D E N A C I Ó N Departamento de Biología | Facultad de Ciencias | Sede Bogotá Forensic Science International: Reports, Volume 6, 2022, 100300 (Artículo con presentación de caso clínico o reportes de caso)
  • Ariza, J.A., Pinzón Reyes, A, Medina-Rocha, A.H., Cabrera-Pérez, R., & Bermúdez-San- tana, C.I. (2023). In silico Functional Analy- sis of Variants in Genes Associated with Sudden Cardiac Death in Cases of the Na- tional Institute of Legal Medicine of Co- lombia Journal of Forensic Research Vol- ume 14:03, 2023 (Artículo con presentación de caso clínico o reportes de caso)
  • Alape Ariza J, Medina Rocha AH, Cabrera Pérez R and Bermúdez- Santana CI (2023) Retrospective Molecular Analysis in Five Cases Probably Associated with Sudden Death the National Institute of Legal Medi- cine and Forensic Sciences of Colombia, In- ternational Journal of Forensic Sciences (Artículo con presentación de caso clínico o reportes de caso)
  • Rui Faria, Deborah Triant4, Alvaro Per- domo-Sabogal, Bert Overduin8, Christoph Bleidorn,Clara Isabel Bermudez Santana, David Langenberger, Giovanni Marco Dall’Olio, Henrike Indrischek,Jan Aerts, Jan Engelhardt, Johannes Engelken2, Katja Lie- bal, Mario Fasold, Sofia Robb,Sonja Grath, Sree Rohit Raj Kolora, Tiago Carvalho, Wal- ter Salzburger, Vladimir Jovanovic and Katja Nowick, Introducing evolutionary bi- ologists to the analysis of big data: guide- lines to organize extended bioinformatics training courses. Evolution: Education and Outreach volume 11, Article num- ber: 8 (2018) (Artículo de reflexión o revisión)
  • Bolivar-Muñoz, J., Vits, S., Bermudez-San- tana, C. I., & Galindo, J. F. (2022). Struc- tural Analysis of the Spike Protein of SARS- CoV-2 Variants and Other Betacorona- viruses Using Molecular Dynamics. Chem- physchem : a European journal of chemical physics and physical chemistry, 23(23), e202200382. https://doi.org/10.1002/cphc.202200382 (Artículo publicado en revista indexada que presente resultados originales de la investigación)
  • Rojas-Cruz, A. F., Gallego-Gómez, J. C., & Bermúdez-Santana, C. I. (2022). RNA struc- ture-altering mutations underlying positive selection on Spike protein reveal novel pu- tative signatures to trace crossing host- species barriers in Betacoronavirus. RNA biology, 19(1), 1019–1044. https://doi.org/10.1080/15476286.2022.2 115750 (Artículo publicado en revista indexada que presente resultados originales de la investigación)
  • Rojas-Cruz, A. F., & Bermúdez-Santana, C. I. (2023). Computational Prediction of RNA-RNA Interactions between Small RNA Tracks from Betacoronavirus Nonstructural Protein 3 and Neurotrophin Genes during Infection of an Epithelial Lung Cancer Cell Line: Potential Role of Novel Small Regula- tory RNA. Viruses, 15(8), 1647. (Artículo publicado en revista indexada que presente resultados originales de la investigación)
  • Ariza, J.A., Medina-Rocha, A.H., Cabrera- Pérez, R., & Bermúdez-Santana, C.I. (2023). Prevalence of Genetic Variants As- sociated with Sudden Cardiac Death in a Population Sample in Colombia. Journal of Clinical & Anatomic Pathology. (Artículo publicado en revista indexada que presente resultados originales de la investigación)
  • Systematic computational hunting for small RNAs derived from ncRNAs dur- ing dengue virus infection in endothelial HMEC-1 cells. Front. Bioinform. 4:1293412. doi: 10.3389/fbinf.2024.1293412 (Artículo publicado en revista indexada que presente resultados originales de la investigación)
  • Nicolas Calderon K, Fabian Galindo J, Ber- mudez-Santana CI. Evaluation of Con- served RNA Secondary Structures within and between Geographic Lineages of Zika Virus. Life (Basel). 2021 Apr 14;11(4):344. doi: 10.3390/life11040344. PMID: 33919874; PMCID: PMC8070784. (Artículo publicado en revista indexada que presente resultados originales de la investigación)
  • Parra-Rincón, E., Velandia-Huerto, C. A., Gittenberger, A., Fallmann, J., Gatter, T., Brown, F. D., Stadler, P. F., & Bermúdez- Santana, C. I. (2021). The Genome of the "Sea Vomit" Didemnum vexillum. Life (Ba- sel, Switzerland), 11(12), 1377. https://doi.org/10.3390/life11121377 (Artículo publicado en revista indexada que presente resultados originales de la investigación)
  • Parra-Rincón, E., Velandia-Huerto, C. A., Gittenberger, A., Fallmann, J., Gatter, T., Brown, F. D., Stadler, P. F., & Bermúdez- Santana, C. I. (2021). The Genome of the "Sea Vomit" Didemnum vexillum. Life (Ba- sel, Switzerland), 11(12), 1377. https://doi.org/10.3390/life11121377 (Artículo publicado en revista indexada que presente resultados originales de la investigación)
  • Garcia, T., Duitama, J., Zullo, S. S., Gil, J., Ariani, A., Dohle, S., Palkovic, A., Skeen, P., Bermudez-Santana, C. I., Debouck, D. G., Martínez-Castillo, J., Gepts, P., & Chacón- Sánchez, M. I. (2021). Comprehensive ge- nomic resources related to domestication and crop improvement traits in Lima bean. Nature communications, 12(1), 702. https://doi.org/10.1038/s41467-021- 20921-1 (Artículo publicado en revista indexada que presente resultados originales de la investigación)
  • Álvarez-Díaz, D. A., Gutiérrez-Díaz, A. A., Orozco-García, E., Puerta-González, A., Bermúdez-Santana, C. I., & Gallego-Gó- mez, J. C. (2019). Dengue virus potentially promotes migratory responses on endo- thelial cells by enhancing pro-migratory soluble factors and miRNAs. Virus re- search, 259, 68–76. https://doi.org/10.1016/j.vi- rusres.2018.10.01 (Artículo publicado en revista indexada que presente resultados originales de la investigación)
  • EVOLUTIONARY GENOMICS AND SYSTEMS BIOLOGY (CAPÍTULO DE LIBRO)
  • Nonprotein-Coding RNAs as Regulators of Development in Tunicates: Marine Organisms as Model Systems in Biology and Medi- cine Series: Results and problems in cell differentiation: Agosto 2018 / Springer Interna- tional Publishing AG, part of Springer Na- ture 2018 (Capitulo de libro resultado de investigación)
  • TOPOLOGÍAS DE ALEXANDROFF: TRES PUNTOS DE VISTA DIFERENTES (DIRECCIÓN DE TESIS)
  • PROPERTIES AND GENERALIZATIONS OF THE FIBONACCI WORD FRACTAL. EXPLORING FRACTAL CURVES (PUBLICACIÓN EN ARTÍCULO DE REVISTA)
  • A GEOMETRICAL CONSTRUCTION OF INVERSE POINTS WITH RESPECT TO AN ELLIPSE (PUBLICACIÓN EN ARTÍCULO DE REVISTA)
  • BIPERIODIC FIBONACCI WORD AND ITS FRACTAL CURVE (PUBLICACIÓN EN ARTÍCULO DE REVISTA)
  • A GENERALIZATION OF THE FIBONACCI WORD FRACTAL AND THE FIBONACCI SNOWFLAKE (PUBLICACIÓN EN ARTÍCULO DE REVISTA)
  • ON THE K-FIBONACCI WORDS (PUBLICACIÓN EN ARTÍCULO DE REVISTA)
  • PRETOPOLOGICAL SPACES AS A CLASSIFICATION TOOL FOR RNAS REPRESENTED AS A SUCCESSION (PUBLICACIÓN EN ARTÍCULO DE REVISTA)
  • ORTHOLOGS, TURN-OVER, AND REMOLDING OF TRNAS IN PRIMATES AND FRUIT FLIES (PUBLICACIÓN EN ARTÍCULO DE REVISTA)
  • Homology-Based Annotation of Non-coding RNAs in the Genomes of Schistosoma mansoni and Schistosoma japonicum (PUBLICACIÓN EN ARTÍCULO DE REVISTA)
  • Evidence for human microRNA-offset RNAs in small RNA sequencing data (PUBLICACIÓN EN ARTÍCULO DE REVISTA)
  • APLICACIONES DE LA BIOINFORMÁTICA EN LA MEDICINA: EL GENOMA HUMANO. ¿CÓMO PODEMOS VER TANTO DETALLE? (PUBLICACIÓN EN ARTÍCULO DE REVISTA)
  • GENOMIC ORGANIZATION OF EUKARYOTIC TRNAS (PUBLICACIÓN EN ARTÍCULO DE REVISTA)
  • IDENTIFICATION AND CLASSIFICATION OF SMALL RNAS IN TRANSCRIPTOME SEQUENCE DATA (PUBLICACIÓN EN ARTÍCULO DE REVISTA)
  • CHARACTERIZACION AND COMPARISON OF ESCHERICHIA COLI TRANSFER RNAS BY GRAPH THEORY BASED ON SECONDARY STRUCTURE (PUBLICACIÓN EN ARTÍCULO DE REVISTA)
  • AUTOMATED DETECTION OF NCRNAS IN THE DRAFT GENOME SEQUENCE OF A COLONIAL TUNICATE: THE CARPET SEA SQUIRT DIDEMNUM VEXILLUM (PUBLICACIÓN EN ARTÍCULO DE REVISTA)
  • TRNA STRUCTURE FROM A GRAPH AND QUANTUM THEORETICAL PERSPECTIVE (PUBLICACIÓN EN ARTÍCULO DE REVISTA)
  • BUSCANDO AGUJAS EN UN PAJAR: VIAJES DE RNAS PEQUEÑOS IN SILICO E IN VITRO (PUBLICACIÓN EN ARTÍCULO DE REVISTA NO RECONOCIDA POR COLCIENCIAS)