Las plantas presentan una enorme diversidad de compuestos conocidos como metabolitos especializados o secundarios. Estos metabolitos no intervienen en las funciones básicas celulares pero son esenciales para la vida sésil de las plantas ya que median su interacción con el ambiente en procesos como la defensa frente a patógenos y herbívoros y la atracción de polinizadores y dispersores de semillas. Dada su diversidad e importancia ecológica los metabolitos especializados también son una invaluable fuente de moléculas con aplicaciones en medicina, agricultura y biotecnología. La mayoría de los metabolitos especializados tienen estructuras químicas complejas, son difíciles de producir sintéticamente y se generan en cantidades pequeñas en plantas cultivadas. Por lo tanto, con el avance de técnicas de genómica y metabolómica una perspectiva promisoria para maximizar la producción de ME útiles se basa en el estudio de la diversidad natural: La secuenciación del genoma de plantas relacionadas pero con perfiles metabólicos distintos puede permitir identificar secuencias de ADN que son importantes para la producción de metabolitos. Estas secuencias pueden ser utilizadas en programas de mejoramiento de plantas o bioingeniería. Adicionalmente este análisis puede ser utilizado en la identificación de nuevas especies o variedades que producen metabolitos en cantidades óptimas. Finalmente, sería posible encontrar nuevos metabolitos con usos potenciales. Para hacer este tipo de estudios es preferible usar grupos de plantas diversos y que contengan tanto especies con usos agronómicos y medicinales como especies huérfanas y silvestres. Proponemos aplicar este esquema en plantas cultivadas, medicinales y silvestres de una familia de plantas con gran diversidad y enorme importancia cultural en el neo-trópico, las Solanáceas. La aplicación de este novedoso esquema permitirá conocer, conservar y aprovechar la biodiversidad colombiana, ayudará a entender la evolución del metabolismo de las plantas y tendrá potenciales aplicaciones en medicina y biotecnología.