El Grupo de Investigación en el Estudio de la Evolución del Holobionte se dedica a desentrañar las complejas interacciones evolutivas que tienen lugar entre microorganismos, plantas y animales, adoptando una perspectiva centrada en el holobionte. Desde esta visión holística, exploramos el fascinante mundo de las relaciones simbióticas entre estos organismos. Nuestro enfoque se basa en investigar los procesos que dan forma al holobionte y al hologenoma en especies domesticadas y sus contrapartes silvestres, con el objetivo de comprender cómo estos mecanismos impactan en la salud y el rendimiento de los hospederos. A través de una amplia gama de disciplinas, que incluyen ecología, genética, microbiología y biotecnología, nuestro grupo se compromete a avanzar tanto en la comprensión teórica como en la aplicación práctica de nuestra investigación. Buscamos por medio de la investigación desarrollar tecnologías innovadoras basadas en el microbioma, con el propósito de mejorar la productividad, calidad y sostenibilidad de los hospederos. Creemos firmemente en el potencial de los microorganismos como aliados esenciales en la agricultura, la producción animal y la conservación.

• ECOLOGÍA MICROBIANA MOLECULAR
• MICROBIODIVERSIDAD Y BIOPROSPECCIÓN
• METAGENOMICA
• MICROBIOLOGÍA

Convertirnos en líderes reconocidos a nivel nacional e internacional en la comprensión de las complejas interacciones evolutivas entre microorganismos, plantas y animales desde una perspectiva holística del holobionte. Aspiramos a ser un referente en la investigación multidisciplinaria que aborda los desafíos contemporáneos en agricultura, producción animal y conservación, mediante el desarrollo y aplicación de tecnologías innovadoras basadas en el microbioma. Nuestra visión es contribuir activamente a la transformación de la agricultura y la gestión ambiental, promoviendo prácticas sostenibles y mejorando la calidad de vida de las comunidades locales y globales.

Exploración de la diversidad microbiana asociada a sistemas agrícolas nativos Colombianos. Investigar la composición y función de la microbiota presente en estas plantas, tanto en cultivos domesticados como en parientes silvestres, con el objetivo de comprender cómo estas comunidades microbianas contribuyen a la salud, el crecimiento y la adaptación de la planta. Caracterización del hologenoma : Estudiar la interacción entre el genoma de las plantas o animales hospederos y su microbiota, analizando cómo los microorganismos influencian la expresión génica, la variabilidad genética y la adaptación de la planta a diferentes condiciones ambientales y estresantes. Investigación de mecanismos evolutivos: Explorar los procesos evolutivos que han dado forma a las relaciones entre hospederos y su microbiota a lo largo del tiempo, incluyendo la coevolución, la selección natural y la transferencia horizontal de genes, con el fin de comprender mejor la dinámica de estas interacciones a nivel evolutivo. Desarrollo de aplicaciones tecnológicas basadas en el microbioma: Investigar y desarrollar tecnologías innovadoras basadas en el microbioma para mejorar la productividad, calidad y sostenibilidad de los cultivos y los sistemas pecuarios, incluyendo biofertilizantes, biocontroladores de enfermedades, promotores de crecimiento vegetal, desarrollo de aplicaciones terapeúticas (e.g., vacunas). Transferencia de conocimiento y capacidades: Promover la colaboración y el intercambio de conocimientos con comunidades locales, instituciones académicas y entidades gubernamentales para fortalecer las capacidades en investigación y gestión ambiental relacionadas con los cultivos, manejo animal y la conservación de los ecosistemas asociados.

Reconocemos que el estudio de los holobiontes requiere una comprensión que va más allá de las fronteras tradicionales de las disciplinas científicas. Por lo tanto, nuestro grupo integra conocimientos y metodologías de campos diversos como la ecología, la genética, la microbiología, la bioinformática, la biotecnología y la agronomía. Esta interdisciplinariedad nos permite abordar los problemas desde múltiples perspectivas y desarrollar soluciones más integrales y efectivas. Fomentamos la colaboración con otros grupos de investigación, instituciones académicas, empresas y organizaciones tanto a nivel nacional como internacional. A través de alianzas estratégicas y redes de colaboración. Finalmente, reconocemos la importancia de la colaboración internacional para enriquecer nuestras investigaciones y promover el intercambio de ideas a nivel global. Participamos activamente en redes internacionales de investigación, como el Instituto Max Planck en Plon (Alemania), la universidad de MIT (Massachusetts Institute of Technology (USA) y La red internacional de de Holobiontes (Dinamarca). Colaboramos en proyectos internacionales y fomentamos la movilidad académica de nuestros miembros.

Grupo Tándem Max Planck en Investigación del Holobionte

Avance en la investigación de poblaciones bacterianas intestinales del Cavia porcellus

Relación de la diversidad de endófitos microbianos de semillas de cacao (Theobroma cacao L.) con la germinación e injertación de materiales regionales de Tumaco, Nariño.

• Hernández, R., Chaib De Mares, M., Jimenez, H., Reyes, A., & Caro-Quintero, A. (2022). Functional and phylogenetic characterization of bacteria in bovine rumen using fractionation of ruminal fluid. Frontiers in Microbiology, 13, 813002. (Artículo científico o de investigación publicado o sometido en revistas indexada nacional e internacional Q1 y Q2. Minciencias A1, A2)
• Hernández, R., Jimenez, H., Vargas-Garcia, C., Caro-Quintero, A., & Reyes, A. (2021). Disentangling the complexity of the rumen microbial diversity through fractionation using a sucrose density gradient. Frontiers in Microbiology, 12, 664754. (Artículo científico o de investigación publicado o sometido en revistas indexada nacional e internacional Q1 y Q2. Minciencias A1, A2)
• González‐Orozco, C. E., Porcel, M., Yockteng, R., Caro‐Quintero, A., Rodriguez‐Medina, C., Santander, M., ... & Escobar Parra, S. (2024). Integrating new variables into a framework to support cacao denomination of origin: a case study in Southwest Colombia. Journal of the Science of Food and Agriculture, 104(3), 1367-1381. (Artículo científico o de investigación publicado o sometido en revistas indexada nacional e internacional Q1 y Q2. Minciencias A1, A2)
• Botero Rute, L. M., Caro-Quintero, A., & Acosta-González, A. (2024). Enhancing the Conventional Culture: the Evaluation of Several Culture Media and Growth Conditions Improves the Isolation of Ruminal Bacteria. Microbial Ecology, 87(1), 13. (Artículo científico o de investigación publicado o sometido en revistas indexada nacional e internacional Q1 y Q2. Minciencias A1, A2)
• Bautista, D., García, D., Dávila, L., Caro‐Quintero, A., Cotes, A. M., González, A., & Zuluaga, A. P. (2023). Studying the microbiome of suppressive soils against vascular wilt, caused by Fusarium oxysporum in cape gooseberry (Physalis Peruviana). Environmental Microbiology Reports, 15(6), 757-768. (Artículo científico o de investigación publicado o sometido en revistas indexada nacional e internacional Q1 y Q2. Minciencias A1, A2)