El cuy (Cavia porcellus) es un mamífero pequeño presente en varios países de Sudamérica en donde ha ganado reconocimiento por su aptitud como especie de producción pecuaria promisoria. En Colombia, la cría de esta especie se encuentra principalmente en el departamento de Nariño, lugar en donde forma parte importante de la cultura, la diversidad gastronómica y es el sustento económico de muchas familias tanto en el sector urbano como rural. La mayoría de los esfuerzos de investigación del C. porcellus se han enfocado en analizar parámetros zootécnicos (ganancia de peso, conversión alimenticia, número de partos, entre otros) y el efecto de diferentes dietas sobre el desempeño productivo. Así como el mejoramiento genético de las poblaciones, para fijar atributos como la calidad de la carne y la expresión de características deseables que mejoren el rendimiento reproductivo. Fisiológicamente, el C. porcellus se clasifica como un herbívoro monogástrico de fermentación microbiana en el ciego (un tejido modificado del intestino grueso) por ende, la mayor parte de sus requerimientos nutricionales dependen del proceso de fermentación en este segmento. A pesar de su importancia, hay pocos estudios que aborden la composición de esta microbiota. En respuesta a esta necesidad, este proyecto analizará la composición bacteriana cecal presente en cuyes adquiridos en sistemas productivos de Nariño y su relación con las condiciones productivas, geográficas y ambientales de los sistemas de producción. Actualmente se cuenta con un muestreo estadísticamente representativo (n = 288) de la población de cuyes presente en el municipio de Pasto, compuesto por 327 muestras (288 cecales, 8 duodenales, 8 yeyunales, 8 ileales, 8 colónicas y 7 fecales) tomadas de cuyes de distintos corregimientos del municipio Pasto, departamento de Nariño. Con estos tejidos se construirán 327 librerías para secuenciación de Illumina del marcador molecular ARNr 16S (región V4) que posteriormente serán secuenciadas y analizadas mediante herramientas bioinformáticas. Los datos obtenidos permitirán identificar la diversidad bacteriana en las muestras y su función potencial sobre procesos fisiológicos. La relación entre esta diversidad y las características histopatológicas del sistema gastrointestinal de cada animal permitirá la formulación de recomendaciones ajustadas a cada sistema productivo. Adicionalmente, se hará una detección molecular de agentes patógenos mediante PCR de punto final empleando como blanco de amplificación genes de patogenicidad de agentes relevantes (e.g., gen invA de Salmonella typhimurium, gen Ail de Yersinia pseudotuberculosis). Este análisis permitirá determinar si las condiciones de manejo influyen en la presencia de estos patógenos en el contexto de salud animal y vigilancia epidemiológica. Finalmente, se espera que esta propuesta constituya una línea base en el contexto de ciencia básica y aplicada que enriquezca el conocimiento microbiológico en la especie, mejore la comprensión de los sistemas productivos alternativos del país y el potencial biotecnológico de los microorganismos presentes en el microbioma del C. porcellus.