Esta propuesta trata del desarrollo de una metodología eficiente para la solución acoplada de interacciones electrostáticas entre iones en un solvente continuo (ecuación de Nernst-Planck) y macro-iones discretos. Esta metodología permitirá la simulación de electrolitos y poli-electrolitos en condiciones de equilibrio y fuera del equilibrio. Múltiples situaciones de interés en nano-escala, tales como ADN confinado, aglomeración de péptidos, técnicas de separación por electroforesis y electroósmosis, entre otras podrán ser simuladas completamente. La investigación generalizara la metodología llamada General Geometry Ewald-like, la cual es una manera eficiente (orden lineal) de calcular interacciones de largo alcance (electrostática e hidrodinámica) en sistemas no-periódicos fundamentada en el formalismo de funciones de Green. La metodología se implementara para la simulación de cadenas poliméricas cargadas, ADN, confinadas en nanocanales y sometidas a campos eléctricos. Este tipo de sistemas son importantes en técnicas de separación, análisis y manipulación de sistemas complejos.