La colección del Museo de Historia Natural custodia especímenes de las siguientes clases y ordenes: Amphibia (Anura), Anthozoa (Scleractinia, Zoantharia), Asteroidea, Aves (Accipitriformes, Anseriformes, Apodiformes, Caprimulgiformes, Charadriiformes, Ciconiiformes, Columbiformes, Coraciiformes, Cuculiformes, Falconiformes, Galliformes, Gruiformes, Nyctibiiformes, Passeriformes, Pelecaniformes, Phoenicopteriformes, Piciformes, Podicipediformes, Psittaciformes, Strigiformes, Suliformes, Tinamiformes, Trogoniformes), Bivalvia (Arcida, Cardiida, Lucinida, Mytilida, Ostreida, Pectinida, Unionida, Venerida), Calcarea, Crinoidea, Crocodylia, Diplopoda (Polydesmida), Echinoidea, Elasmobranchii (Carcharhiniformes, Rajiformes, Rhinopristiformes), Gastropoda (Architaenioglossa, Cycloneritida, Lepetellida, Littorinimorpha, Neogastropoda, Stylommatophora, Trochida), Hydrozoa (Anthoathecata), Arachnida (Amblypygi, Araneae, Opiliones, Scorpiones, Uropygi), Chilopoda (Scolopendromorpha), Insecta (Blattodea, Coleoptera, Diptera, Hemiptera, Hymenoptera, Lepidoptera, Mantodea, Odonata, Orthoptera), Malacostraca (Decapoda), Mammalia (Artiodactyla, Carnivora, Cetacea, Chiroptera, Cingulata, Didelphimorphia, Perissodactyla, Pilosa, Primates, Rodentia, Sirenia), Ostracoda, Squamata, Testudines, Actinopterygii (Albuliformes, Anguilliformes, Characiformes, Elopiformes Perciformes, Siluriformes, Syngnathiformes, Tetraodontiformes).

Con excepción de cinco ejemplares, Panthera leo de África, Naja naja de Asia, Papio anubis de África, Lama glama del Perú y Cervus elaphus de Europa, los especímenes del museo pertenecen a especies que se encuentran naturalmente en diferentes ecosistemas del país; no obstante, prácticamente de ninguno se tiene procedencia de captura en tanto corresponden a material de exposición heredado de colecciones didácticas del Instituto de Ciencias Naturales o proveniente de colecciones didácticas recuperadas sin información de captura. Por esta razón no se puede diligenciar esta descripción con el detalle esperado. Es una diferencia fundamental entre una colección científica y una colección con fines expositivos. Ejemplares sin datos de campo pierden notablemente su valor para una colección destinada a la investigación, pero mantienen su valor expositivo para un museo que propende por la resignificación de la biodiversidad.

1918-2019