Se evaluará el estatus ecológico de un ambiente estuarino. Esta evaluación estará basada en el estado de calidad de los elementos biológicos y físico-químicos de la columna de agua y del sedimento, comparando los datos obtenidos con los de monitoreos realizados en ambientes similares en los trópicos. Un elemento de calidad biológica a ser considerado para ser incluido en la evaluación del estatus ecológico son las comunidades bentónicas de fondos blandos y algunos de sus parámetros estructurales (composición, diversidad, biomasa y taxa sensibles a perturbación). Con los parámetros estructurales se obtendrán indicadores que estimarán el estatus de la fauna bentónica y la salud de la comunidad bentónica. Los indicadores biológicos junto con los indicadores físico-químicos del agua y del sedimento mostraran el estado de salud del estuario. Se espera que un alto estatus ecológico este representado por una mayor biodiversidad, mayor número de categorías tróficas, mayores biomasas, taxa sensibles a perturbaciones, altas concentraciones de oxígeno, bajas concentraciones de nutrientes y de materia orgánica en relación con un bajo estatus ecológico.