El estado del conocimiento sobre las condiciones ecológicas actuales (actuo-ecología) y las pasadas (paleoecología) en áreas geográficas del territorio colombiano señala la necesidad de proseguir con la documentación sobre componentes básicos de la trama ecológica global. Entre los aspectos básicos para comprender los ajustes en la escala del tiempo, figuran la caracterización del sustrato a nivel bioestratigráfico y su relación con el esqueleto de los ecosistemas, la vegetación (estructura y composición florística). Herramientas básicas son el análisis palinológico y la caracterización de la vegetación de acuerdo con aspectos de la estructura - arquitectura y la composición florística. En los sedimentos de ambientes abiertos (pantanos, lagos, ciénagas, turberas, en general humedales) y también en los suelos, quedan depositados los testimonios biológicos como granos de polen, esporas, hojas, parte de frutos de las especies vegetales y por ende de las comunidades (bosques, selva, matorrales, pastizales, herbazales, etc.) que crecían en el sitio elegido como zona de muestreo y en sus alrededores. En la medida en que avanzan los procesos de sucesión, estos ambientes se van colmatando, se van rellenando sus basínes por afectaciones o causas naturales; a sus basínes llegan aguas de escorrentías que transportan sedimentos, los cuales luego se depositan en capas u horizontes. Las condiciones especiales que prevalecen en estos ambientes o escenarios son de anoxia, no oxigenación, no hay contacto directo con la atmósfera, condiciones que facilitan su conservación al limitar la acción de los elementos recicladores o transformadores de la materia orgánica (bacterias, hongos). En el proceso de sucesión natural en estos ambientes, en las columnas de sedimentos quedan los testimonios, los vestigios, del esqueleto vegetal “in situ” y de los alrededores. La relación entre estos ensambles y las características del sustrato en escala actual y pasada, nos permiten sacar inferencias sobre las condiciones del medio en el cual estaban creciendo las especies, sus asociaciones (tipos de vegetación) y las condiciones ambientales, especialmente los reflejos de la influencia de la temperatura y de la precipitación. Con el análisis palinológico, se trata de documentar-establecer- valores de dominancia, de frecuencia de los granos de polen, para definir las asociaciones palinológicas que serán luego se contrastarán con las comunidades vegetales (composición florística) que crecen en los alrededores de los sitios de muestreo. Desde finales del siglo XVIII, los primeros paleo-palinólogos habían detectado una de las aplicaciones fundamentales de esta nueva disciplina, con lo cual que empezó a consolidarse como una herramienta apropiada para entender el proceso de colonización sobre los ambientes que se habían cubierto de nieve durante las épocas en que la temperatura descendió y los casquetes glaciares cubrieron buena parte de la superficie terrestre en áreas cercanas a los polos en los dos hemisferios. En Colombia, desde la segunda mitad del siglo XX, se empezaron los estudios sistemáticos de la bioestratigrafía de los sedimentos en diferentes localidades del país, tratando de documentar los cambios que se habrían presentado en las áreas tropicales. El estudio de la vegetación tiene una connotación fuertemente ligada a los lineamientos fundamentales de la teoría darwiniana y sus aplicaciones. Se trata de las adaptaciones de las especies, y la manera en la cual el tamiz selectivo va actuando como una barrera que limita la expansión de algunas, mientras que favorece la diversificación y predominio de otras. Se configura así un enfoque de dominancia en el cual hay especies dominantes ya sea por la producción de biomasa (energética) por la proliferación de individuos (numérica), por la supremacía en la talla (arquitectura, altura). Se configuran la fisionomía-arquitectura y modulan los procesos ecológicos a nivel interno y externo.