Proyectos
Estudios moleculares en especies tropicales de peces de la Colección de tejidos CGUN
Resumen
La colección de tejidos CGUN(Conservación Genética Universidad Nacional) incluye casi 4000 muestras de tejidos incluyendo un (62 %) de peces, para muchas muestras la identificación taxonómica hasta especie no fue posible en el momento de la colecta hace 20-25 años. Dos grupos representados incluyen el Orden Siluriformes (Familia Pimelodidae), y el Orden Characiformes (Familia Prochilodontidae), muestras que no han sido objeto de análisis alguno con datos de información molecular Este proyecto busca (1) explorar mediante herramientas moleculares la identificación de especies de peces de la colección mediante secuenciamiento de genes de la mitocondria por comparación con bases de datos como NCBI, (2) establecer para las especies en cuestión análisis preliminares de diversidad genética para las localidades de las cuales se tienen muestras, y (3) Involucrar a estudiantes de pregrado en sus proyectos de grado cortos y viables que les permitan un entrenamiento importante en técnicas moleculares para estudios de diversidad que incluyen secuenciamiento, actualización de bases de datos y cuantificación de variabilidad genética Para tal fin se han escogido dos especies importantes económicamente a nivel regional y local. El bagre rayado, Pseudoplatistoma sp (Orden Siluriformes, Familia Pimelodidae) del rio Amazonas (Leticia, Amazonas). Probablemente P. punctifer o P. fasciatum según notas de campo y según la clasificación actual. La colección posee 41 muestras de tejido (agalla preservada en alcohol). Bocachico, Prochilodus sp (Orden Characiformes, Familia Prochilodontidae) de Rio San Jorge, Ayapel Córdoba. Probablemente Prochilodus magdalenae según notas de campo. La colección posee >200 muestras de tejido (agalla preservada en alcohol). El proyecto propone obtener ADN genómico total para aproximadamente 20-25 individuos por especie con kit de extracción de Quiagen, la posterior amplificación de un gen mitocondrial (Dloop, CytB, COI) según la disponibilidad de secuencias en NCBI para propósitos de comparación. Ello permitirá actualizar información de la colección sobre la especie y determinar niveles de variación genética para las localidades estudiadas, esto constituye una línea de base para comparación con monitoreos futuros de poblaciones recientes y determinar posibles efectos a nivel de poblaciones y flujo génico entre otros. También permite visualizar posibles iniciativas genómicas en estas dos importantes especies de la diversidad colombiana. El proyecto no requiere financiación pues los elementos básicos de Kits de extracción, primers para fragmentos de los genes de interés, reactivos de PCR y consumibles y secuenciación Sanger están cubiertos por insumos ya existentes en el laboratorio. Este proyecto busca aprovechar el potencial de acervo genético único de muestras de especies colombianas colectadas hace 20-25 años, que constituyen información histórica valiosa e irrepetible y permitirían posteriormente con muestreos recientes documentar posibles cambios genéticos de especies importantes para el país. Permitirá identificar o corregir identidades taxonómicas que fueron inciertas en el momento de colecta o que pueden haber sido modificadas por cambios nomenclaturales a lo largo de los años, esto reduce errores en la base de datos de la colección pues nombres incompletos o incorrectos proporcionan estimaciones equivocadas de diversidad y taxonomía que induce a errores en cascada en trabajos posteriores. Consideramos que este proyecto piloto de barcoding tiene viabilidad técnica y económica y contribuiría a la formación de dos estudiantes de biología en sus trabajos de grado.
Convocatoria
Nombre de la convocatoria:Registro único de proyectos
Modalidad:Registro único de proyectos
Responsable