Los procesos geológicos, como las capturas de cabeceras e incisiones fluviales, han sido clave en la diversificación genética de peces dulceacuícolas al generar barreras físicas que favorecen el aislamiento poblacional. En el alto San Miguel (Antioquia), eventos tectónicos y cambios en el drenaje desde el Mioceno tardío, junto con transformaciones geológicas en la cuenca del río Dagua, han influido en la dinámica genética de Trichomycterus caliensis, un bagre propio de cabeceras andinas. Este estudio analiza la estructura genética y el flujo génico en la triple divisoria de aguas de los ríos Cauca, Porce y Magdalena, y emplea una aproximación comparable en los ríos Dagua y Cali, utilizando marcadores microsatélites. Se estiman niveles de heterocigosidad, equilibrio de Hardy-Weinberg, diversidad genética y estructura poblacional. La integración de datos moleculares y geológicos permite evaluar hipótesis sobre conectividad histórica y aislamiento, así como el papel de la tectónica en la diversificación genética. Los resultados contribuirán a la comprensión de la biogeografía histórica y la conservación de ecosistemas montañosos, desde una perspectiva interdisciplinaria que articula genética de poblaciones y geología.