El tomate (Solanum lycopersicum L.) y el pimentón (Capsicum annuum L.), son dos de las hortalizas de mayor importancia económica en el mundo; se estima que su comercialización alcanza los 10.4 y 5.15 billones de dólares al año y su producción supera los 180 y 36 millones de toneladas, respectivamente. En Colombia estos cultivos se encuentran en al menos 21 departamentos, donde se extienden a 10.078 ha y 3.315 ha, respectivamente, alcanzando una producción anual de 271.884 y 60.800 t. Ambos cultivos son afectados por una gran cantidad de fitopatógenos, siendo los más limitantes los hongos, bacterias, nematodos y virus. Durante los últimos años, las enfermedades causadas por los virus en tomate y pimentón han aumentado dramáticamente en el mundo, y muy especialmente aquellas asociadas a los tobamovirus (Tobamovirus,Virgaviridae). Así por ejemplo, entre los años 2014-2015 se reportó en cultivos de tomate bajo invernadero de Jordania e Israel una nueva enfermedad causada por el tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV), siendo en la actualidad registrado en al menos 40 países, incluyendo a Colombia. Similarmente en 2013, se registró el tomato mottle mosaic virus (ToMMV) en México, y en la actualidad su reporte alcanza al menos 20 países de cinco continentes. Otros tobamovirus de importancia económica mundial son el tobacco mosaic virus (TMV), tomato mosaic virus (ToMV) y Pepper mild mottle virus (PMMoV). La rápida dispersión de estos virus en el mundo, se debe a su eficiente transmisión mecánica y por semillas, y sus efectos sobre la agroindustria de hortalizas han sido devastadores, al causar reducciones en los rendimientos de entre 15 y 55% y afectar dramáticamente las características cosméticas y organolépticas de los frutos. La detección del ToBRFV en Colombia fue realizada recientemente por nuestro grupo de investigación sobre semillas de tomate, pero aún se desconoce su infección en tejido foliar de cultivos de tomate y pimentón; así como también (con excepción del TMV), se desconoce de la presencia de los otros tobamovirus y de las características genómicas de sus aislamientos en el país. Por esta razón, en este proyecto se pretende mediante secuenciación HTS (High Throughput Sequencing) y Sanger, evaluar la ocurrencia de tobamovirus en tejidos foliares y semillas de tomate y pimentón de diferentes regiones del país, como base para desarrollar y/o validar metodologías de detección molecular isotérmica (RT-LAMP) a partir de RNA total y de extractos crudos de semillas y tejido foliar, de manera que sea posible la detección de dichos virus directamente en los puntos de atención (POCT- Point-of-Care Testing) como fincas, semilleros, plantuladoras y centros de acopio, además de en laboratorios generales (con mínima infraestructura) y especializados. Se espera que los resultados de esta investigación puedan ser utilizados por la cadena hortofrutícola y los organismos de investigación y sanidad vegetal del país, para el establecimiento de programas de certificación de semilla de tomate y pimentón, mejoramiento genético y vigilancia cuarentenaria frente a los tobamovirus.