El departamento de Arauca, ubicado en el nororiente de Colombia, se caracteriza por su rica biodiversidad y su potencial agrícola. Sin embargo, los cultivos de aguacate y maracuyá en esta región enfrentan diversos desafíos, entre los cuales las enfermedades fúngicas ocupan un lugar preponderante. Estas patologías no solo reducen la productividad de los cultivos, sino que también afectan la calidad de los frutos, generando pérdidas económicas significativas para los agricultores locales. Los problemas relacionados con el control de hongos fitopatógenos, como Colletotrichum gloeosporioides y Fusarium oxysporum, afectan estos cultivos e impactan negativamente en su producción y calidad. El uso tradicional de fungicidas químicos presenta desventajas, como la contaminación ambiental y el desarrollo de resistencia en los patógenos, lo que subraya la necesidad de explorar alternativas sostenibles para el control de enfermedades. En este contexto, el estudio del potencial de los hongos macromicetos como agentes de control biológico ofrece una perspectiva prometedora. Estos hongos producen metabolitos bioactivos que pueden inhibir el crecimiento de hongos fitopatógenos, presentándose como una solución viable. La investigación propuesta se enfoca en evaluar la capacidad antifúngica de diferentes hongos macromicetos, tanto de cepas comerciales como nativas, contra los fitopatógenos mencionados previamente. Se incluirá dentro de la experimentación la selección de hongos con mayor actividad antifúngica, la cual se realizará dependiendo las interacciones presentadas entre los hongos mediante un ensayo preliminar de antagonismo, el cual permitirá identificar si se genera una inhibición completa del crecimiento o si se genera un co-cultivo con producción de pigmentos en la interacción, también a través de la fermentación en estado líquido de las cepas más activas se espera obtener extractos que permitan la realización de ensayos de actividad antifúngica y finalmente la caracterización química de los compuestos activos. Esta investigación está integrada en un proyecto más amplio para fortalecer la cadena productiva de estas frutas denominado: “Alianza estratégica para el fortalecimiento de la cadena productiva de Pasifloras y aguacate en Arauca, Fase I: control biológico y caracterización química”. Esta iniciativa proporciona una experiencia práctica en biocontrol y bioprospección, y además refleja la importancia del trabajo interdisciplinario entre diferentes grupos de investigación y sedes universitarias, preparando una nueva generación de científicos con habilidades esenciales para enfrentar desafíos en la agricultura y en el desarrollo de soluciones sostenibles.