El microbioma humano distribuido en todos los sistemas del cuerpo incluida la cavidad oral, cuyo hábitat permite el crecimiento de una gran variedad de microorganismos donde predominan las bacterias, juega un papel fundamental en la salud y bienestar del hospedero, de tal manera que esta relación simbiótica es dinámica pero también frágil y ese balance puede verse afectado por factores intrínsecos y extrínsecos que conllevan a enfermedad (4). La enfermedad periodontal es un problema de salud pública y se considera que aproximadamente un 90% de la población mundial tuvo o tiene algún tipo de enfermedad de la cavidad oral y que cerca del 80% de estas han tenido algún grado de enfermedad periodontal, como en Colombia, donde su prevalencia ha sido demostrada, según el IV Estudio Nacional de Salud Buco-dental del 2014, ENSAB IV.(2) La periodontitis se define como una enfermedad crónica, multifactorial e inflamatoria asociada a la presencia de un biofilm disbiótico y caracterizada por la destrucción progresiva del aparato de soporte dental. (1). Como componente etiológico esencial se ha establecido que la microbiota periodontal desempeña un papel importante en el inicio y cronicidad del proceso inflamatorio, que en condiciones de salud permanece en equilibrio y se ve alterada haciendo transición a un estado de disbiosis mediada por una respuesta inmune disfuncional del hospedero acompañada de factores individuales del mismo (3). La manera tradicional para determinar la composición del microbioma oral ha sido con técnicas de cultivo convencional que ayudan al diagnóstico microbiológico, pero son dispendiosas, y no es posible cultivar el total de las bacterias. En las últimas décadas se ha avanzado de manera importante en la identificación de los microorganismos asociados junto con sus factores de virulencia lo cual ha permitido un mejor entendimiento de esta patología. (6, 11, 12) El diagnóstico molecular como la PCR (Reacción en Cadena de Polimerasa), hibridación y la secuenciación permiten obtener resultados con una mayor especificidad, confiabilidad, seguridad, rapidez y reproductibilidad de los diferentes agentes microbianos. Adicionalmente posibilita un mejor manejo y seguimiento de los pacientes según el perfil microbiano de cada uno de ellos. Ayudando a la toma de decisiones a la hora de enfocar el tratamiento. Este trabajo pretende identificar por técnicas de biología molecular a los microorganismos más prevalentes en pacientes con diagnóstico de periodontitis que acuden a las clínicas de la Facultad de Odontología de la Universidad Nacional de Colombia.