El género Hypostomus de la subfamilia Hypostominae está representado actualmente por cerca de 149 especies, siendo considerado uno de los géneros más diverso de la ictiofauna neotropical. Las especies de este género se caracterizan por su amplia distribución, con especies registradas desde Costa Rica hasta la parte central de Argentina, incluyendo algunas islas del caribe, presentando una elevada riqueza de especies en la cuenca del Amazonas y La Plata. Morfológicamente las especies del género poseen una alta variación intraespecífica principalmente asociada con el patrón de coloración el cual ha sido un carácter históricamente utilizado para la identificación de este conjunto de especies lo que torna compleja la identificación morfológica de las especies. Para Colombia actualmente se registran 15 especies del género, cuyos reportes coinciden en una mayor diversidad para las cuencas de Amazonas y Orinoco. En comparación para la cuenca Magdalena-Cauca, hasta el momento solo se registra la especie Hypostomus hondae. Análisis preliminares usando el marcador molecular citocromo oxidasa subnunidad I (COI), indican que existe más de una unidad genética en la cuenca que se diferencia genéticamente de H. hondae. Debido a la presiones antrópicas en la cuenca Magdalena-Cauca y principalmente a la perdida de hábitat y contaminación de sus aguas es imperante conocer la diversidad íctica presente en este sistema que contribuya en la formulación de medidas de manejo y conservación de la fauna endémica. En este sentido este proyecto busca analizar la evidencia de diferencia genética previamente registrada para individuos del género como insumo para determinar el umbral de procesos divergentes poblacionales o procesos de especiación reciente para este grupo de especies.