Spodoptera frugiperda (Lep, Noctuidae) es una polilla cuya larva ocasiona grandes pérdidas económicas en una gran cantidad de cultivos, debido a que consume sus hojas, cogollos y frutos. El insecto es originario del continente americano, pero recientemente se ha expandido al África Asia y Australia. El insecto, ha divergido en dos biotipos que son idénticos morfológicamente, pero difieren genéticamente y han sido llamados biotipos de maíz y arroz. Ambos biotipos difieren en su resistencia a insecticidas y al Bt (Bacillus thuringiensis) dado que presentan flujo genético reducido por lo que la transferencia de genes de resistencia entre sus poblaciones es baja. Una investigación reciente relacionada con el análisis de la microbiota asociada al biotipo de maíz de este insecto demostró la presencia de los géneros Enterococcus, Klebsiella (Enterobacteriales: Enterobacteriaceae), Enterobacter (Enterobacterales: Enterobacteriaceae), y Bacillus (Bacillales: Bacillaceae), por medio de métodos cultivo dependientes y de los géneros Enterococcus, Erysipelatoclostridium (Erysipelotrichales: Erysipelotrichaceae), Rasltonia (Burkholderiales: Burkholderiaceae), y Rhizobium (Hyphomicrobiales: Rhizobiaceae), y por miembros de la familia Enterobacteriaceae con métodos independientes de cultivo, sin embargo poco se conoce sobre su viroma y posibilidad para ser aplicado como control biológico. Investigaciones recientes han detectado un nuevo el genoma de un Alphabaculovirus (SfMNPV-459) que podría ser un candidato para control biológico para las larvas del genotipo arroz en Colombia. No obstante, no hay información sobre el biotipo maíz y ni sobre la diversidad de virus que podrían ser blanco para el uso de control biológico. Agrosavia logro generar un producto liofilizado basado en baculoviruis para el manejo Tecia solanivora, Aunque se hizo ensayos para obtener uno similar con Spodoptera frugiperda una investigación más amplia rigurosa es necesaria en nuestro país dado que el manejo de un insecto debe realizarse de manera local, debido a que productos desarrollados con virus circulantes en otros medios podrían no tenga la misma efectividad, generando problemas de resistencia en los insectos, además que poco se conoce sobre los genomas de estos baculovirus en Colombia y su evolución. Trabajos anteriores basados en la microbiota intestinal realizados en el grupo de investigación de larvas de S. frugiperda ha demostrado que este tipo de investigaciones se pueden llevar a cabo con el uso de secuenciación de nueva generación. En consecuencia, este trabajo sugiere la posibilidad de poder detectar virus asociados a larvas de S. frugiperda en el biotipo de maíz por medio de la técnica de amplio espectro como es el de RNA seq, que permite tanto la identificación de RNA provenientes de virus con genomas de DNA y RNA e identificar la presencia de alpha y beta -baculovirus de una forma más dirigida por medio de PCR convencional y secuenciación Sanger de los amplificados