El complejo respiratorio porcino (CRP) es una entidad multifactorial cuya manifestación depende, entre otros, de factores ambientales, niveles de bioseguridad y agentes infecciosos presentes en las granjas y sus interacciones; dentro de estos últimos, los virus constituyen un factor de primer orden en la gravedad de su manifestación. Debido al importante impacto económico del CRP para la industria porcina se propone un estudio cuyo objetivo es establecer cuáles son los virus respiratorios presentes en dos granjas porcinas tecnificadas de Colombia ubicadas a una altitud entre los 1500 y 2000 msnm. Se tomará como factor diferencial entre las dos granjas que en una hay circulación del virus del síndrome respiratorio y reproductivo porcino (PRRSV) y en la otra no. Se realizará un estudio de tipo observacional, estratificado, prospectivo y comparativo. Las dos granjas manejan una producción de flujo continuo y se colectarán muestras en cuatro grupos diferentes del ciclo productivo, así: (i) cerdos en pre-destete (PD), (ii) pre-ceba (PC: 7 a 9 semanas de edad), (iii) ceba (CC: 14 a 15 semanas de edad) y (iv) finalización (CF: mayor a 20 semanas de edad). Estos cerdos provendrán todos de cerdas primerizas. Se harán tres muestreos en cada granja con una periodicidad bimensual, es decir, el estudio tendrá una duración de seis meses. Los virus que se evaluarán en cada granja serán: PRRSV, circovirus porcino tipo 2 (PCV2), circovirus porcino tipo 3 (PCV3) y el virus de la influenza porcina (SIV). Las muestras por colectar en los grupos PD, PC, CC y CF serán fluidos orales y sueros. Adicionalmente, se tomarán muestras ambientales del piso de parideras, barras de los corrales y de los comederos; también de cerdas primerizas se tomarán muestras de superficie de la glándula mamaria, todas estas muestras serán tomadas con gasa estéril, así mismo, se transportarán al laboratorio en frío en medio esencial mínimo para favorecer la supervivencia viral. El genoma se extraerá al día siguiente de la toma de la muestra. Las muestras serán procesadas a través de la prueba de PCR de punto final y Reverse Transcription-PCR (RT-PCR) (dependiendo del tipo de virus). Posterior a su detección, dependiendo de los virus encontrados, estos se genotipificarán por secuenciación Sanger en el Servicio de Secuenciación y Análisis Molecular (SSiGMoL) de la Universidad Nacional de Colombia, sede Bogotá. De cada granja será recopilada información climática relacionada con la temperatura, la pluviosidad, humedad y fotoperíodo. Así mismo, será recopilada información productiva como ganancia de peso, consumo de alimento, conversión alimenticia, porcentaje de mortalidad por etapa. Se establecerán diferencias entre los diferentes grupos evaluados tanto dentro de granja como entre granjas mediante estadística descriptiva. Igualmente se analizará con estadística descriptiva el comportamiento de cada virus y coinfección presente a través del tiempo (evolución en el tiempo). Los análisis de asociación entre las variables climáticas y presencia de virus como también con las variables productivas se analizarán mediante correlación múltiple. Con los resultados obtenidos se espera contribuir con el sector productivo colombiano a través de un estudio de campo donde se tendrán en cuenta las particularidades ambientales y sanitarias del país para poder comprender cómo interactúan los diferentes factores en la manifestación del CRP en el contexto colombiano, el factor más importante a evaluar será el hecho de la circulación del PRRSV sin vacunación; haciendo necesario determinar el efecto de este en el CRP solo y en coinfección con otros agentes virales.