El ganado bovino entró al Valle del Cauca principalmente por el sur desde Perú y de esos ganados se formó la raza criolla Hartón del Valle, que sufrió procesos de selección y adaptación para producir en los agroecosistemas del Valle del Cauca (Cortes Ricardo & Buenaventura Aldo, 2007), confiriéndoles características de adaptación, rusticidad, tolerancia a enfermedades y parásitos y capacidad de producir en condiciones complejas, donde las razas especializadas presentan dificultades (Martínez et al., 2012). Muchos de estos bovinos han sido absorbidos con razas especializadas, y en algunos casos se han cruzado o mantenido puros bajo selección fenotípica, buscando mejores características para rasgos económicamente importantes, con el fin de crear estrategias que ayuden a alinear el potencial genético para mejorar los sistemas productivos (Carvalheira et al., 1998). Otra de las razas propias del Valle del cauca es la raza Lucerna, creada de manera artificial a partir de las razas Hartón del Valle (30%) y sus cruzamientos con las razas Holstein (30%) y Shorthorn (40%) con la intención de obtener individuos rústicos y adaptados a las condiciones propias del trópico bajo, pero con una buena aptitud para la producción de leche. El ganado Lucerna constituye un recurso genético de gran importancia para la ganadería del trópico bajo del Valle del Cauca, ya que fue creada artificialmente y seleccionada para la producción en las condiciones climáticas de la zona. En el contexto actual ante el cambio climático y la necesidad de producir de una manera cada vez más sostenible, que requiera de poca intervención ambiental, los ganados criollos adaptados empiezan a ser una alternativa importante de producción de proteína de origen animal. No obstante, la investigación en algunas razas como Lucerna aún es limitada y se desconocen muchos aspectos de la diversidad genética y fenotípica, importante para el avance en los programas de cría y mejoramiento genético. Por lo anterior, el objetivo de este proyecto es determinar la diversidad genética y fenotípica en ganado Lucerna, apoyado con información de genotipado de mediana densidad. También se usará la información genealógica de las poblaciones puras Lucerna de la Reserva natural el Hatico y la hacienda Lucerna, a partir de la información se seleccionarán 100 animales para el genotipado mediante chips de mediana densidad (Neogen GGP 100K) que incluyen marcadores mayores y de enfermedades. A partir de la información genealógica se estimará las estadísticas básicas, el coeficiente de consanguinidad medio, el Número efectivo de la población y se determinarán los animales a seleccionar mediante el paquete optisel del programa R. A partir de la información productiva se estimaran los parámetros genéticos y fenotípicos para la producción de leche y el intervalo entre partos, empleando el modelo animal unicaracter y bicaracter. A los animales seleccionados para muestreo se les tomará una muestra de la vena coccígea o en los machos que se les colecta semen, una pajilla. A partir de las muestras se realizará extracción de ADN mediante kit comercial en el laboratorio de Genética de la Universidad Nacional sede Palmira. Es importante resaltar que para este proyecto ya se cuenta con la información genealógica y productiva y que algunas muestras ya fueron tomadas en un proyecto en ejecución y se encuentran almacenadas en el laboratorio. Posteriormente, las muestras se enviarán para genotipado en el laboratorio de NEOGEN. Una vez obtenidos los reportes, se realizará un análisis inicial mediante diferentes funciones y galerías del software R y Plink, que permite estimar endogamia molecular, frecuencias alélicas, genéticas, heterocigosidades. A partir de este trabajo se espera mejorar el entendimiento de la diversidad genómica en ganado Lucerna con el fin de favorecer su cría y mejoramiento genético, que permitan tener un aprovechamiento productivo de este recurso genético.