La pérdida de hábitat, su fragmentación y los efectos de la contaminación son algunas de las amenazas contra la diversidad de los sistemas naturales, cuyos efectos sobre los sistemas fluviales son poco estudiados. El aumento de escorrentía genera inundaciones y transporta sedimentos y contaminantes que disminuyen la calidad de los recursos hídricos. En consecuencia, problemas derivados de las partes altas de las cuencas tienen efectos biológicos, sociales y económicos en áreas situadas río abajo. Sin embargo, la mayor parte de los estudios relacionados con la degradación de cuencas son considerados en las partes inferiores de los cursos fluviales. Este proyecto busca identificar el impacto de los disturbios naturales como antrópicos sobre la diversidad biológica y los aspectos funcionales del sector medio del río Tota, un río de montaña. Se aplicaran metodologías integradas con base en la estima de la diversidad y del funcionamiento de ecosistema fluvial. Así, el estudio de organismos indicadores de diversidad (diatomeas) se combinará con las medidas funcionales (producción primaria y estructura trófica de la comunidad de macroinvertebrados) y las variables ambientales del sistema (geomorfología del lecho fluvial y la física y química del agua), con el fin de formular criterios de conservación de este ecosistema potencialmente amenazado y que precisa protección.