Las herramientas de detección y diagnóstico son la base funcional para el manejo de las enfermedades en plantas. En la actualidad existen alternativas directas haciendo uso de metodologías moleculares que permitan una detección del patógeno con una mayor sensibilidad y especificidad, así como también de técnicas emergentes no destructivas que permiten realizar una detección rápida y precisa, destacándose el uso de huellas espectrales obtenidas por espectroradiómetros y respuestas captadas con sensores. Con base en esto este proyecto tiene como propósito contribuir al fortalecimiento del sistema de producción de cacao en Colombia, mediante la generación y validación de técnicas de monitoreo y diagnóstico de fitopatógenos de importancia emergente y de difícil detección en fases tempranas del desarrollo de la enfermedad. Considerando la caracterización molecular y patogénica de los microorganismos Ceratocystis sp. y Rosellinia spp. en cacao, se validarán genes o regiones genómicas que se usarán como marcadores moleculares para el desarrollo de técnicas diagnósticas basadas en la amplificación isotérmica del ADN del patógeno, para ser evaluadas en plantas infectadas en condiciones de invernadero. Además, se validará la técnica de firmas espectrales para el diagnóstico de las enfermedades causadas por estos patógenos en condiciones de vivero y campo mediante el uso de multi-sensores como; (i) sensor térmico, (ii) contenido de clorofila (SPAD) y (iii) espectroradiómetros manuales que permitirán con los resultados obtenidos realizar el diseño de un sensor manual de tipo espectral con base en las bandas informativas para las fases tempranas de estas dos patologías, para ser usado posteriormente en pruebas piloto para la detección de estas enfermedades bajo condiciones de campo. Con el desarrollo y validación de estas metodologías, se contribuirá a la optimización tanto de las decisiones para el manejo de las enfermedades causadas por estos patógenos, como también en los tiempos de intervención, así se podrá minimizar costos en el manejo fitosanitario y en las pérdidas de la producción, y a su vez reduciendo el impacto negativo sobre el ambiente.