El arroz en Colombia es el cultivo transitorio con mayor área sembrada en el país (555.000 hectáreas), aporta 5.1% al PIB agrícola, proveyendo cerca de 82.500 empleos directos y 330.000 indirectos, siendo así el sustento de 500.000 familias. La producción promedio actual del cultivo es de 4.9 toneladas/hectárea, la cual se ha visto afectada en la última década especialmente por factores asociados al cambio climático. Desde el año 2012, FEDEARROZ a través de su programa “Adopción Masiva de Tecnología - AMTEC”, mediante una estrategia de manejo integral de la finca ha promovido una serie de prácticas agronómicas adaptadas a las necesidades de cada zona y lote, logrando disminuir costos de producción y aumentando los rendimientos del cultivo. Sin embargo, pese a estos avances para alcanzar la competitividad del sector, los niveles de productividad deseados no se han obtenido porque aún se deben mejorar algunos parámetros de manejo agronómico, entre éstos la variabilidad existente al interior de los lotes sembrados. Dentro de esta variabilidad se encuentra la relacionada al suelo, el cual es un recurso condicionante para la productividad agrícola como soporte vegetal, en cuya matriz física viven comunidades microbianas que regulan las reacciones químicas en la interacción planta-suelo. Las prácticas de manejo agronómico tradicional consideran los campos agrícolas como homogéneos, por lo cual las labores que se desarrollan no tienen en cuenta la heterogeneidad edáfica que existe dentro de un lote arrocero, se requiere ajustar los parámetros del manejo del suelo teniendo en cuenta su complejidad para un manejo específico, no dejando de lado la sostenibilidad económica y ambiental de las prácticas implementadas. El manejo agronómico por ambientes es una alternativa para identificar y caracterizar la variabilidad edáfica espacial y temporal existente dentro de un lote, con el propósito de mejorar la productividad del cultivo y garantizar la conservación del suelo, a través de la optimización de los recursos y la implementación de prácticas de manejo, de acuerdo a las necesidades reales de los lotes. La identificación de las áreas heterogéneas dentro del campo agrícola se hace a través de imágenes espectrales y/o monitores de rendimiento, y su caracterización se realiza a partir de los componentes físico químicos del suelo y del reconocimiento de sus poblaciones microbianas. En este contexto, la investigación propuesta por el Grupo de Bioprocesos y Bioprospección del IBUN en alianza con FEDEARROZ-FNA, busca conocer qué tan diferentes son las poblaciones microbianas al interior de un lote arrocero caracterizado por ambientes en el departamento del Meta y su interacción con las características físico-químicas del suelo, con el fin de establecer la relación de cada uno de estos componentes sobre la sanidad y rendimiento del cultivo del arroz. Finalmente, se espera que el conocimiento generado acerca de estas interacciones sean una línea base para el futuro desarrollo de estrategias integrales y factibles de manejo agronómico en los cultivos de arroz, que contribuyan a la competitividad y sostenibilidad de los agricultores colombianos, teniendo en cuenta que este sector es fundamental para sustentar la seguridad alimentaria de la población y es dinamizador de la economía nacional en la época de pandemia y pospandemia del COVID-19.