Los sistemas de producción de los Cultivos de Aguacate y Café han sido tradicionalmente la base del sustento de grandes comunidades., sin embargo la asociación de estos cultivos ha ocasionado problemas fitosanitarios que han causado altas perdidas económicas. El aguacate Persea americana Mill es un cultivo de importancia económica a nivel mundial, en México en el 2016 la superficie sembrada de aguacate fue 203,732 ha con una producción de 1,878,599 ton, rendimiento promedio de 10.5 ton/ ha (SIAP, 2017). En Colombia en el año 2014 se sembraron 49.056 hectáreas de aguacate con una producción de 288.739 t y con un rendimiento de 8.37 t ha-1. (Agronet, 2017). La caficultura es fundamental para la economía Colombiana al generar empleo para más de 785.000 personas, correspondiente a un 26% de la totalidad del sector agrícola. El 96% de los productores son pequeños y medianos caficultores con áreas de menos de 5 hectáreas, comprenden el 72% del área cultivada en el país y responden por 70% de la producción cafetera nacional. Del total, el 50% tiene menos de 1 hectárea en café con un tamaño de cultivo promedio de 0,6 hectáreas en fincas cuya área total no supera las 2,9 hectáreas. Muchos son los problemas que afrontan el cultivo del aguacate y el cafe en su producción, y los problemas fitosanitarios son causantes de graves pérdidas económicas para productores a nivel mundial. (CESAVEM, 2010). Los thysanopteros son insectos pequeños generalmente de 0.3 a 12 mm los cuales raspan y chupan el contenido celular causando lesiones como clorosis, abortos florales, malformaciones de fruto y tallo jóvenes, ramas quebradizas, áreas pálidas en hojas que en conjunto daban un mal aspecto y afectaban el precio final de fruto. El cultivo del aguacate en Michoacán, México presenta daños significativos causados por insectos plaga, especialmente de la clase Thysanoptera que afectan tejidos tiernos de brotes foliares, flores, hojas jóvenes y frutos en desarrollo, dañan el pericarpio y reducen su valor comercial, sobre todo para el mercado de exportación. (Paleo et al 2015). En general, el café es agredido por numerosas enfermedades de origen fúngico las que ocasionan gran daño en el cultivo y considerables pérdidas económicas a los mediano y pequeños productores, entre los hongos que atacan al café se encuentra Colletotrichum spp, agente causal de la enfermedad conocida como antracnosis, que puede atacar hojas, tallos y frutos. La clasificación de las plagas y enfermedades por taxonomía clásica es difícil y se precisa de amplios conocimientos y experiencia para no cometer errores en la identificación, por lo tanto la clasificación molecular es una herramienta útil, rápida y segura para establecer clasificaciones de estas especies plagas Los genes mitocondriales y las regiones ITS son ampliamente utilizados en el momento con un alto nivel de confianza en la identificación de estas especies. El ADN mitocondrial (mt) es un marcador molecular para estudios evolutivos de animales que incluye inferencias filogenéticas, identificación de origen de especies, filogeografía, análisis de estructura, dinámica poblacional y evolución molecular”. (Zhang, 1997). Igualmente, los análisis basados en las Regiones ITS2 de los ADN ribosomales han mostrado su utilidad para aclarar la filogenia en taxa de difícil clasificación.