El caimán del Orinoco (Crocodylus intermedius Graves, 1819. Fig. 1 en proyecto detallado anexo), es una de las especies de cocodrilos más amenazadas del mundo (Antelo et al., 2010; Barros et al., 2010) y la especie más amenazada en la región Neo tropical (Rueda-Almoacid et al. 2007). Esta especie de cocodrilo está catalogada como en peligro crítico (CR) de la Lista Roja de la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (Lista Roja de la UICN), e incluida en el Apéndice I de la Convención sobre Comercio internacional de especies amenazadas de fauna y flora silvestres (CITES) (GSG 1996). Regionalmente, C. intermedius está catalogado como CR en Colombia (Morales-Betancourt et al. 2015) y en peligro de extinción (EN) en Venezuela (Seijas et al. 2015). Esta especie ha sufrido una profunda disminución de sus poblaciones durante el siglo XX debido a la caza comercial y la recolección de huevos para consumo local, distribución restringida y pérdida de hábitat (Casal et al. 2013; Medem 1981; Morales-Betancourt et al. 2015; Seija 2010). Históricamente, Crocodylus intermedius se distribuyó ampliamente a lo largo de la cuenca del río Orinoco en Colombia y Venezuela, habitando casi todos los ríos grandes (Medem 1981). Los cronistas y exploradores del siglo XIX describieron poblaciones abundantes observadas fácilmente tomando el sol en las playas de arena de los ríos (Antelo 2012). Sin embargo, a partir de 1928 comenzó la caza comercial de la especie, motivada por una gran demanda de pieles de la industria del cuero; fuertemente respaldado por los gobiernos de Colombia y Venezuela (Medem 1981; Antelo 2012). Entre los años 1930 y 1970, las industrias del cuero colombianas y venezolanas exportaban un promedio de 90,000 pieles por año a los mercados alemán, francés y estadounidense, causando un profundo declive de las poblaciones de cocodrilos en todo su rango de distribución (Medem 1981). A mediados de la década de 1960, la sobreexplotación de las ya pequeñas poblaciones de C. intermedius que sobrevivieron a 40 años de intensa caza comercial, desencadenó el declive de la industria, así como la extinción de casi todas las poblaciones de la especie a lo largo de su área de distribución. Hacia el final del siglo XX, el gobierno colombiano liderado por el Ministerio del Medio Ambiente, la Universidad Nacional de Colombia (representada por la EBTRF), y el Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (IAvH), crearon y establecieron el programa nacional para la conservación del Caimán del Orinoco. Los principales objetivos del programa fueron: (i) prevenir la extinción de la especie en Colombia y (ii) promover la recuperación de las poblaciones en su rango de distribución natural (Ministerio de Ambiente 2002). Sin embargo, debido a que no existe una caracterización genética de las poblaciones relictuales en su rango e distribución, varias actividades cruciales del programa nacional de conservación (como posible apoyo o rescate genético, entre otras), no han podido ser implementadas. Se necesita con urgencia un estudio de genética de la conservación bien planificado de las poblaciones relictuales ya identificadas (ver abajo), para empezar con su recuperación a través de un manejo genético, utilizando el programa de reproducción de apoyo iniciado por Federico Medem desde 1970 en la EBTRF. Esta investigación tiene como objetivo caracterizar genéticamente tres poblaciones relictuales consideradas Prioridad de Habitat Regional/Unidades de Conservación de Cocodrilos (RHP/CCU) en Colombia; sistema de los ríos Ele, Lipa y Cravo Norte, con miras a conocer su estado genético actual e iniciar la planeación de refuerzos poblacionales genéticos, con individuos provenientes de la población ex situ presente en la EBTRF.