Los Trips son unos insectos pequeños que componen una comunidad de especies crípticas que atacan al cultivo de aguacate en el departamento de Antioquia de manera extensiva (Cano - Calle et al 2019 sometido). Dado su pequeño tamaño, carácter invasivo, partenogénesis y el daño que produce a los frutos de los cultivos son insectos difíciles de controlar (Brunner et al. 2013). En Colombia, los trips han sido identificado con el uso de claves taxonómicas en hojas y flores del aguacate en colecciones realizadas en los departamentos de Caldas y Risaralda permitiendo la identificación de las especies Selenothrips rubrocinctus Giard, y Frankliniella gardeniae Moulton, que son filopatógenas de los depredadores Leptothrips sp. y Karnyothrip sp. (Echeverri Florez et al. 2004). Un trabajo posterior realizado por Cano-Calle et al. (2019, sometido) basado en la secuenciación del gen mitocondrial de la Citocromo Oxidasa I (COI) permitió la identificación de diversas especies de trips entre ellas: Franklinella gardeniae, F. gossypiana, F. panamensis, T. palmi, Microcephalothrips abdominalis, Scirtothrips hansoni y Liothrips perseae (Tubulifera). Estas especies fueron corroboradas morfológiacamente por el taxómomo Laurence Mound. Cano -Calle et al. (2019) realizaron un análisis de la genética de poblaciones de dos de las especies más abundantes en el aguacate antioqueño: F. gardeniae y F. gossypiana y encontraron que no se encontraban genéticamente estructuradas puesto que su Fst = 0.0009 (p=0.38) debido a que solo se diferenciaban en 41 nucleótidos para este locus. Otra especie relevante en el aguacate fue S. hansoni debido que también fue encontrada abundantemente en este cultivo. Además en el trabajo de Cano-Calle et al. se produjo el primer reporte de esta especie en aguacate. Actualmente, S. hansoni representa una de las mayores limitantes del cultivo de aguacate en el departamento de Antioquia ya que al igual que las otras especies genera daños en el fruto en su interior y en su cascara afectando su apariencia por lo que este tipo de frutos no pueden ser exportados. Por ello, todas estas especies representan plagas cuarentenarias de este cultivo (Cano-Calle et al. 2019). Dado que S. hansoni es la especie más abundante de trips en el aguacate antioqueño y por lo tanto la especie que más daño genera a su fruto, el propósito de este proyecto es realizar un estudio de su genoma y a su vez de la genética de sus poblaciones por medio de la técnica de GBS (Genotyping By Sequencing), ambos métodos se basarán en métodos de secuenciación de nueva generación con la plataforma Illumina. El conocimiento de la biología, la diversidad genética y el genoma de una plaga es relevante para el manejo de una plaga, esto se comprueba con los estudios de genética de poblaciones realizados en Colombia con: Spodoptera frugiperda y la evolucion de sus biotipos (Cano -Calle et al. 2015), Neoleucinodes elegantalis y sus razas (Diaz et al. 2013, 2017). La existencia de biotipos y razas en estas dos plagas se pudo logran con el uso de marcadores moleculares que establecieron que sus poblaciones estaban estructuradas por su asociación a sus hospederos y su diversidad genética es muy alta. Resultados similares se podrían encontrar en la especie de trips S. hansoni del aguacate.