El virus de la tristeza de los cítricos (CTV) es el agente causal de la enfermedad viral de mayor impacto económico en este cultivo. El amplio espectro de los síntomas inducidos por el CTV ha llevado a definir la enfermedad como un síndrome, y a proponer dos causas desde el punto de vista del patógeno: la complejidad de la estructura poblacional de los aislamientos de campo y las propiedades biológicas de varios tipos virales distribuidos por el mundo (Dolja et al, 1994). El CTV contiene el genoma más largo conocido en virus de plantas y presenta variabilidad nucleotídica diferencial, por la cual la mitad 5’ exhibe mayor variabilidad que la mitad 3’. Actualmente ha sido secuenciado el genoma de seis aislamientos CTV de diferentes regiones geográficas (Florida, California, Israel, España y Japón) (Rubio, et al., 2001). Estudios previos de secuencias parciales de aislamientos CTV de Colombia sugieren la existencia de al menos dos aislamientos con genotipos diferentes: uno de ellos presenta alta identidad con aislamientos suaves de España y Florida (USA), en tanto que el otro parece ser similar al aislamiento severo T36 de Florida (Albiachi, et al., 2000; Oliveros, 2002). La presente propuesta de identificación de los aislamientos CTV en Colombia, mediante un análisis de secuencias genómicas que supere la evaluación de un solo marco de lectura (ORF) viral, permitirá inferir la agresividad de un aislamiento. Esta información es importante para estimar el impacto de cada aislamiento viral, y es decisiva para la aplicación de medidas de control más eficientes. Algunas medidas de manejo de la enfermedad que se facilitarían a partir del conocimiento de la secuencia de los aislamientos del CTV y su frecuencia en campo son: excluir de los viveros los patrones infectados por aislamientos inductores de infección severa, erradicar de los huertos los árboles que se encuentran infectados por tales aislamientos, evaluar el estado de cítricos foráneos a ingresar al país, diagnosticar la presencia de CTV en los patrones utilizados para conferir tolerancia, selección de cepas suaves o con severidad moderada para su utilización en protección cruzada.