La enfermedad conocida como gota o tizón tardío de la papa, que resultó en la muerte y migración de más de un millón de irlandeses en 1840, se ha convertido en uno de los mayores problemas fitosanitarios que amenaza la producción mundial. No solo sus altos costos de manejo y sus excesivas pérdidas, también el uso indiscriminado de agroquímicos que contaminan al ecosistema y a los operarios que los aplican (Birch et al., 2012). En Colombia, esta enfermedad causada por el oomycete Phytophthora infestans, no solo afecta a la papa, también otros cultivos considerados promisorios se encuentran dentro de sus hospedantes susceptibles, el tomate de árbol, el tomate de mesa, el lulo, entre otros (Morales, 2008). Para estudiar de manera eficiente dichas variantes alélicas de un gran número de genes efectores se desarrolló en el Instituto James Hutton del Reino Unido, una técnica de secuenciamiento enriquecido para estos determinantes de patogenicidad. PenSeq es una metodología que habilita la masiva identificación en paralelo de la presencia o ausencia de variaciones o cambios y que secuencia dichos polimorfismos en genes claves del patógeno. Esta metodología tiene amplias aplicaciones y puede ser adaptada a diversos microorganismos y patógenos a lo largo de un gran espectro de hospedantes (Thilliez et al., 2018).