El clavel (Dianthus caryophyllus L.) es uno de las principales productos de exportación del sector floricultor, posicionando al país como el primer productor a nivel mundial. Además, este sector de la economía nacional generó en el 2015, empleos para 135.000 personas, lo cual resalta la importancia de este sector en el país. Sin embargo, la producción del clavel puede presentar importantes pérdidas durante la etapa de cultivo, dado que esta especie vegetal puede verse afectada por diversas enfermedades infecciosas, dentro de las que se destaca el marchitamiento vascular causado por el hongo Fusarium oxysporum f. sp. dianthi (Fod). Diversos esfuerzos se han desarrollado con el fin de generar alternativas eficientes para su control, pero a la fecha no existe un plan de manejo que permita controlarla totalmente y son frecuentes los brotes de la enfermedad en los cultivos. El presente estudio busca contribuir al conocimiento de los eventos bioquímicos relacionados con la producción de metabolitos que se presentan en el apoplasto del clavel, como consecuencia de la interacción con el patógeno Fod, que puedan estar relacionados con mecanismos de defensa de la planta. El interés particular de estudiar este compartimiento celular, es por ser el punto inicial de contacto entre el patógeno y la planta, donde suceden los primeros eventos relacionados con la respuesta de defensa. A través de herramientas metabolómicas, se pretende identificar metabolitos secundarios presentes o inducidos en el apoplasto del clavel en una variedad resistente, relacionados con vías de señalización como ácido salicílico (AC), ácido jasmónico (AJ) y etileno, o con actividad antifúngica como saponinas o actividad osmoprotectora como prolina y ectoína, entre otros muchos. Estas investigaciones buscan contribuir a la disminución de las pérdidas económicas que presenta este sector tan importante para la economía nacional, a través del aumento en el rendimiento en la producción de esta flor, y además, disminuir el impacto ambiental generado por el uso de fungicidas y otros compuestos químicos que afectan el medio ambiente.