Aunque se han hecho muchos trabajos acerca de las rocas generadoras de petróleo, de origen marino, transicional y continental, todavía no se tiene claridad sobre la verdadera importancia de algunos componentes orgánicos en dicha generación y tampoco del aporte de cada uno de ellos. Igualmente, con respecto a la metodología del estudio petrográfico de la materia orgánica, también existen algunas incoherencias porque se aplican métodos que se han desarrollado para rocas mucho más viejas que las que existen en Colombia, y cuyos resultados no son satisfactorios y por lo tanto las interpretaciones que se podrían hacer son sesgadas (Blandón, A., 2007). El estudio de palinofacies resulta oportuno, porque permite identificar la materia orgánica presente en las rocas, clasificarla y determinar junto con otras metodologías, si la roca es posible generadora o no de hidrocarburos. En el mundo ya existen metodologías para el estudio de palinofacies, sin embargo, los métodos convencionalmente utilizados, no son aplicables en Colombia dada la naturaleza de la materia orgánica, es decir las técnicas con las cuales en otros países separan la materia mineral de la materia orgánica, no es aplicable en Colombia, dado que la materia orgánica de Colombia ha sufrido menos transformaciones que la materia orgánica de muchas cuencas sedimentarias del mundo. Por lo general la materia orgánica en muchas rocas fuentes de petróleo, se encuentra dispersa dentro de la materia mineral, lo que hace posible usar la separación por densidad, sin embargo con el ánimo de recuperar la totalidad de la materia orgánica, se implementó el uso de ácido clorhídrico para destruir los carbonatos y el ácido fluorhídrico para destruir los silicatos. Esta metodología resulta ser exitosa, cuando se tienen rocas muy viejas, del Paleozoico, como las que existen en la mayoría de las cuencas sedimentarias del mundo, el método de destrucción de la materia mineral con ácidos, parece que da buenos resultados, pues el tipo de materia orgánica es mucho más rica en lignina y por lo tanto más resistente a los ácidos, pero cuando dicha metodología se aplica a las rocas de las cuencas sedimentarias Colombianas que son relativamente jóvenes (Cretáceo y Terciario), y que por lo tanto tienen otro tipo de materia orgánica menos rica en lignina, esta metodología no da resultados satisfactorios, ya que la materia orgánica se deteriora a tal punto que no es posible identificar ningún componente orgánico. Esta misma situación sucede para las lutitas carbonosas y los carbones. Pero (Blandon, Parra, Gorin, & Arango, 2008), modificaron la metodología original de (Schultze, 1855) y obtuvieron resultados muy satisfactorios para el estudio de las palinofacies en carbones. En esta investigación se aplicara la metodología modificada por (Blandon et al., 2008) a carbones y lutitas carbonosas de las Formaciones La Luna y Umir, dado que la cuenca del Medio Magdalena es una de las más importantes del país y es la que contiene la secuencia sedimentaria del Cretáceo y Terciario más completa y por lo tanto es ideal, para su estudio, pues tiene rocas de ambientes marinos, transicionales y continentales, perfecta para poder hacer el comparativo de la materia orgánica y verificar las metodologías que se utilizan en la preparación de las muestras y su posterior análisis. Para esta investigación se plantearon las siguientes preguntas: ¿La metodología modificada por (Blandon et al., 2008), es aplicable para las Formaciones Umir y La Luna?, ¿Cuáles son los niveles de los factores que rigen el proceso de preparación de las palinofacies?, ¿Ofrecen las palinofacies información acerca del potencial de generación de hidrocarburos? Finalmente se espera que por medio de los resultados se pueda diseñar una metodología para el estudio de palinofacies de las cuencas sedimentarias colombianas.