La piroplasmosis equina es una enfermedad transmitida por garrapatas de équidos. El agente causal es la Babesia equi y Teilleria caballi con distribución mundial y con alta prevalencia en áreas tropicales y subtropicales. El objetivo de este estudio es evaluar la presencia de Babesia spp y Theileria spp, así como la asociación de vectores en caballos de asentamientos rurales y dos razas tradicionales: la raza Paso Fino colombiano (CPFH) y Caballo Criollo Colombiano (CCH) en el Valle del Cauca - Colombia por métodos moleculares. Un total de 400 caballos serán estudiados mediante la extracción de sangre con EDTA y posterior extracción de ADN. Estas muestras se obtendrán de Sevilla, Dagua, Palmira, Candelaria, El Cerrito, Jamundi (Valle del Cauca) (n = 390) y 10 caballos (n = 10) que presentan signos clínicos asociados a hemoparásitos de Caldas, Montería, Tolima, Arauca, Cauca y Nariño. Las muestras positivas seleccionadas serán secuenciadas para determinar las especies de Babesia / Theileria y su asociación con los vectores de garrapatas asi como los factores de riesgo como raza, edad, sexo, actividad y movimientos, tratamiento contra ectoparásitos, recuperación de garrapatas, frecuencia y tipo de desparasitación, provincia de origen, así como tipo de vivienda. Las prevalencias de T. equi y B. caballi se determinarán con intervalos de confianza (IC) del 95%, y se compararán con los grupos de asentamiento de caballos (CPFH, CCH), el sexo y las clases de edad utilizando la tabulación cruzada, Chi-Square o la prueba exacta de Fishers, cuando sea apropiado. La edad mediana se comparará entre los grupos (estado, origen). La asociación entre el piroplasma y el estado de importación con la edad se evaluará mediante un análisis de varianza de dos vías modelo (ANOVA). El valor de P <0,05 se considerará significativo. El presente estudio es la primera investigación con el fin de identificar las especies de Babesia spp y Teilleria spp por métodos moleculares en las granjas ecuestres de Colombia y específicamente el Valle del Cauca asociados con los vectores de garrapatas y otros factores de riesgo utilizando técnicas moleculares que son más sensibles que los tradicionales Métodos y se identificaran el tipo de hemoparasitos que están circulando en nuestro país