Pimelodus ha sido reconocido como un género taxonómicamente complejo debido a su amplia variación morfológica y relaciones no monofiléticas en algunas de sus especies. Las revisiones taxonómicas recientes del género en Colombia revelaron dos nuevas especies para la cuenca Magdalena-Cauca, cuyas relaciones filogenéticas son desconocidas. Para solucionar este interrogante, el presente trabajo secuenciará regiones parciales del gen mitocondrial Citocromo Oxidasa I (cox1) y los genes nucleares activadores de recombinación (rag1 y rag2). Adicionalmente, se evaluará la influencia del caudal en el tamaño y conformación del cuerpo de P. grosskopfii mediante técnicas de morfometría geométrica. La información generada en este trabajo contribuye al conocimiento de las relaciones filogenéticas de los miembros de este género taxonómicamente complejo y dará luces sobre los factores que influencian la variación fenotípica de una de las especies del grupo.