Luego de 45 años de investigación paleontológica en Villa de Leyva y sus municipios circundantes en colaboración con la comunidad, actualmente el museo alberga una colección compuesta por especímenes del periodo Cretácico Inferior (120-130 millones de años), compuesta por vertebrados marinos, una colección de plantas y una colección petrográfica. Además de una amplia colección de ammonites y otros invertebrados marinos. Este patrimonio corresponde a cerca de 2.400 ejemplares en colección y más de 400 piezas en exhibición. Los ejemplares en colección se guardan en compartimentos especializados pero su información no se ha completado y aunque se encuentra en parte sistematizada en Excel requiere de trabajo especializado para complementar información inexacta o faltante y todo el respaldo fotográfico (inexistente) con la ayuda especialistas y personal idóneo, con el fin de contar con los metadatos de la colección para su estandarización en formatos como Dublin Core. Por esta razón el museo requiere actualizar y modernizar la información tanto su colección como de su exhibición. La presencia de la Universidad Nacional Colombia en la ciudad de Villa de Leyva se convierte en la mejor vitrina de la Universidad para Colombia y el Mundo y debe reflejar el conocimiento que sobre el país, la región y en particular la cantera de importantes hallazgos paleontológicos locales que son uno de los más importantes patrimonios de la humanidad.