La agricultura convencional han modificado los sistemas agrícolas (fincas) con mayor depredación que en ningún otro momento en su historia, generando impactos negativos que se expresan en procesos de degradación ambiental (resistencia de plagas, contaminación hídrica y edáfica, problemas de salud, perdida de fertilidad, entre otros), así como conflictos sociales. Gran parte de esta problemática la ha originado la presunción de recursos ilimitados causando desequilibrio entre el poder de regeneración natural y la proporción en que son retirados los componentes del sistema; el análisis aislado de costo y beneficio ha determinado la viabilidad de la agricultura sin tener en cuenta su complejidad y las externalidades que esta puede generar. La teorización e implementación de marcos metodológicos que permitan estimar los puntos críticos que generan problemas sociales, ambientales y económicos de forma multidimensional en la agricultura es reciente, permitiendo a los actores rurales: agricultores, entidades públicas y de investigación, planificar posibles soluciones a los problemas encontrados. En cuanto a la oferta de alternativas que permitan disminuir la severidad de los conflictos generados por el modelo agrícola imperante, es escasa, siendo urgente la validación científica de técnicas biotecnológicas amigables con el medio ambiente y sensibles a la agricultura Colombiana. Por lo anterior, esta investigación reúne diferentes visiones que permiten estimar la sustentabilidad de sistemas agrícolas, pero también propone, estrategias biorracionales como es el uso de la biodiversidad vegetal para el control de enfermedades en cultivos a partir de extractos vegetales, y establecer métodos que permitan la detección de microorganismos presentes en las semillas y que pueden ser nocivos para el hombre por la producción de micotoxinas; propuestas que se encaminan hacia una agricultura alternativa.