En la diversidad genética se logran identificar microorganismos que conviven en los diversos ecosistemas generando su equilibrio, cuando la intervención del hombre prevalece se pueden generar sobrepoblación de individuos patógenos que afectan determinados cultivos de importancia, de igual manera coexisten microorganismos benéficos que permiten restablecer el equilibrio y así mismo contribuir en el desarrollo de diversos procedimientos, de ahí la importancia de su estudio para lograr un conocimiento y comprensión del comportamiento de estos en su entorno y en los procesos involucrados. En el Departamento del Valle del Cauca se cultivan diversidad de materiales vegetales como frutales entre los que se destacan la uchuva, que aunque en la actualidad no es cultivada en grandes extensiones sobresale por sus cualidades organolépticas, que pueden ser potencializadas en procesos de transformación como los vinos de frutos, los cuales involucran microorganismos benéficos como las levaduras Saccharomyces y no-Saccharomyces. Otros cultivos destacados son; chontaduro, plátano, banano y café; los cuales presentan problemas fitosanitarios como plagas y enfermedades. En el caso del chontaduro, banano y plátano presentan plagas que pueden ser manejadas con microorganismos benéficos como los nematodos y el hongo Beauveria bassiana entomopatógenos. El café se encuentra afectado por hongos patógenos como Colletotricum y Omphalia flavida los cuales requieren una identificación precisa para un posible control con nanopartículas de ZnO-NPs. El objetivo del proyecto es estimar la diversidad genética de microorganismos benéficos y patógenos para el planteamiento de estrategias que permitan su uso y control en los diferentes cultivos y proceso ya mencionados.