--El tomate de mesa (Solanum lycopersicum L.) es uno de los cultivos de mayor importancia en nuestro país. Esta especie es afectada por varios problemas fitosanitarios, causados por hongos, virus y bacterias. Entre las enfermedades más frecuentes y limitantes tenemos la antracnosis causada por Colletotrichum sp. y el tizón tardío por Alternaria sp., llegando a afectar la producción significativamente. Para el control de estos fitopátógenos se aplican grandes cantidades de fungicidas afectando el medio ambiente y presionando el desarrollo de resistencia a estas moléculas, por esta razón se requiere buscar alternativas viables y seguras que reduzcan el impacto ambiental y económico que ocasionan el uso de estos productos químicos. Los objetivos del presente trabajo de investigación será conocer el potencial de protección de los aislamientos bacterianos extraídos de la rizosfera del genero Bacillus y Pseudomonas fluorescens con capacidad antagónica a los hongos Colletotrichum sp. y Alternaria sp. asociados al cultivo del tomate. Se realizaran la identificación molecular de las cepas bacterianas a través de marcadores moleculares específicos y se procederá a realizar pruebas de antagonismo in vitro de los diferentes aislamientos extraídos de las localidades de mayor producción de tomate en el Valle del Cauca; se seleccionaran las cepas con mayor capacidad de inhibición a los hongos fitopatógenos objetos de este estudio.