El chigüiro es un recurso biológico y económico importante en los llanos orientales de Colombia. Actualmente se desconoce si sus poblaciones no se diferencian significativamente entre si a nivel genético, o si por el contrario existe estructura genética asociada a la distribución geográfica de las poblaciones. Un reciente estudio de genética poblacional en chiguiros realizado en Colombia sugiere que los individuos al sur del río Meta tienden a diferenciarse de los del norte del mismo (Correa y García 2014), sugiriendo que esta barrera geográfica promueve la diferenciación genética. Por lo anterior, el presente estudio pretende analizar la estructura genética del chigüiro en los llanos orientales colombianos, buscando determinar si esta obedece a un patrón de distribución geográfica. Además, a través de análisis filogeográficos se pretenden proponer posibles hipótesis de los escenarios evolutivos que pudieron llevar a la estructura poblacional actual. A través del uso del marcador mitocondrial citocromo B y siete marcadores microsatelitales, se evaluará la estructura poblacional del chigüiro en los llanos orientales colombianos (departamentos de Arauca, Casanare, Meta y Vichada), para esto se determinaran los niveles de diversidad genética, la estructura poblacional y flujo génico, además de realizarse pruebas de neutralidad. Un análisis filogenético permitirá estudiar los posibles agrupamientos asociados a localidades de origen. Por último para el análisis filogeográfico se realizará un análisis de clados anidados y pruebas de coalescencia. Se espera que a través de parámetros de estructura genética, junto con arboles filogenéticos y la red de haplotipos se represente gráficamente las relaciones genéticas entre las zonas muestreadas. Además, se buscara la relación entre dicha estructura genética y la distribución geográfica. Se planteará el panorama evolutivo que pudo resultar en la distribución actual y los tiempos divergencias para los diferentes linajes evolutivos.