La selva amazónica se encuentra en el continente americano con un área total de 7.165.281Km2, que constituye el 40,2% de Sur América y el 1,4% de la superficie total del planeta (INSTITUTO AMAZONICO DE INVESTIGACIONES CIENTIFICAS- SINCHI y MINISTERIO DE AMBIENTE, VIVIENDA Y DESARROLLO TERRITORIAL. 2007). En Colombia se encuentra en los departamentos de Guainía, Guaviare, Vaupés, Putumayo, Caquetá, Amazonas, parte del departamento de Vichada, el suroriente del Meta, la bota caucana y las vertientes Amazónicas de Nariño (SINCHI. 2007), que representa el 6.8% de toda la amazonia y contribuye a que sea uno de los 14 países que alberga el mayor índice de biodiversidad del planeta. Lamentablemente esta riqueza biológica es contrastada con la pobreza extrema, de acuerdo al DANE en el 2011, fue del 35,6% (DANE. 2012), lo que crea la necesidad de evaluar en los frutos amazónicos, compuestos de interés comercial, como la pectina, para lograr un aprovechamiento integral de estas especies que contribuya al desarrollo económico y social de la región. La pectina es un grupo de polisacáridos complejos de alto peso molecular, ampliamente utilizado en la formulación de varios productos alimenticios (mermeladas, jaleas, jugos de frutas, productos lácteos y de panificación), como agente gelificante, espesante, texturizante, emulsificante y estabilizante, también es utilizada en productos farmacéuticos y cosméticos (Jindal et al., 2013), se encuentra principalmente en la pared celular y lamela media de todos los tejidos vegetales donde actúa como cemento intercelular (ADDOSIO et al., 2005), pero comercialmente por su alto contenido de pectina solo se utiliza para su extracción pulpa de manzana (10-15%), cáscaras de cítricos (25-35%) y recientemente la remolacha azucarera (10-20%) y el girasol (15-25%) (CYBERCOLLOIDS, 2013); Su Consumo anual se estima en todo el mundo en 45 millones de kilos, con un valor global de por lo menos 400 millones de euros (WILLATS et al., 2006). No se produce actualmente en Colombia y tiene que ser importada en su totalidad, de acuerdo a las estadísticas que proporciona la DIAN, aproximadamente en el 2010, se importó 436 toneladas anuales, equivalente a US$3.847.404 (García Montoya et al., 2011). Además, para su extracción se utiliza un método por hidrolisis ácida que requiere mucho tiempo (20-360min), generando cambios no deseables en sus propiedades fisicoquímicas y funcionales (Koubala et al., 2008). Recientes investigaciones han propuesto el uso de microondas para la extracción de pectina obteniendo mayor rendimiento, con menores tiempos de extracción, bajos requerimiento de energía y una alta eficiencia de la extracción (Guo et al., 2012; Bagherian et al., 2011; Seixas et al., 2014). En este estudio se evaluara y planteará nuevas fuentes de pectina a partir de frutos Amazónicos, previamente caracterizados fisicoquímicamente, y se compara el efecto de las condiciones de extracción utilizando la hidrolisis ácida y la extracción asistida por microondas en la composición y la calidad de la pectina obtenida. Para la extracción se utilizara el método descrito por Guo et al., 2012, con un horno microondas doméstico multimodo modificado, evaluando diferentes pH, potencia, tiempos de extracción, relación muestra:solvente y ciclos de extracción . El diseño experimental se realizara por el método Taguchi de matrices ortogonales L25 (Frale et al., 2013), con 4 factores y 5 niveles, por triplicado para un total de 75 ensayos por cada fruto amazónico, además se utilizara la metodología de superficie de respuesta, para determinar las condiciones óptimas para la extracción. Como variables de respuesta será el rendimiento y calidad de la pectina obtenida, la cual va a ser medida por el contenido de ácido anhidrourónico (AUA) y el grado de esterificación.