El marchitamiento vascular causado por el patógeno Fusarium oxysporum f. sp. dianthi es la enfermedad de mayor impacto para el cultivo del clavel en el mundo. La presencia de esta enfermedad en Colombia ha generado pérdidas a nivel económico y una disminución significativa en el cultivo de esta flor. Diversos esfuerzos se han desarrollado con el fin de generar alternativas eficientes para su control, pero a la fecha no existe un plan de manejo que permita controlar totalmente la enfermedad y son frecuentes los brotes deésta en los cultivos. La poca información que se tiene sobre las bases bioquímicas y moleculares de la resistencia a la enfermedad, ha generado un retraso en el desarrollo de nuevas alternativas como la generación de variedades resistentes. A pesar de esto, algunos estudios previos han permitido postular que dentro de los mecanismos de defensa que pueden activar las variedades resistentes para afrontar la infección, se destaca la biosíntesis de compuestos con actividad antifúngica, además de procesos de lignificación y suberización. Se ha determinado que algunas proteínas extracelulares secretadas al apoplasto por la planta, pueden también ser importantes durante la interacción con este patógeno. Esta evidencia coincide con lo propuesto para otras plantas en donde se ha encontrado que en los espacios intercelulares, en donde se establece el primer contacto entre la célula hospedante y el patógeno, se presentan algunos de los fenómenos bioquímicos de reconocimiento y defensa determinantes de resistencia o susceptibilidad. Sin embargo, a la fecha en el clavel, es poco el conocimiento que se tiene sobre los procesos que a este nivel celular, se presentan durante la interacción con el agente causal del marchitamiento vascular. Con el fin de iniciar estudios a este nivel, se hace necesario contar con herramientas experimentales que permitan no solo obtener fracciones libres de proteínas citoplasmáticas, sino también libres de contaminantes no proteícosque pueden actuar como interferentes en procesos de análisis posteriores. La presencia de compuestos fenólicos, carbohidratos o pigmentos, compuestos de alta distribución en las plantas, pueden afectar de manera determinante las separaciones electroforéticas y afectar los análisis posteriores de identificación. En la presente propuesta se plantea por primera vez, un estudio comparativo usando diferentes procedimientos de extracción y análisis de proteínas del apoplasto del clavel, con el fin de obtener fracciones proteicas libres de contaminantes aptas para análisis electroforéticos de separación y posterior identificación. Este es el primer paso para la realización de estudios posteriores que permitan indagar la bioquímica de procesos de particular interés en esta planta, como su interacción con el patógeno Fusarium oxysporum f. sp. dianthi