En el corregimiento de Santa Rosa de Tapias (Valle del Cauca, Colombia), los sistemas agrícolas de producción convencional han desplazado los agroecosistemas con manejo tradicional causando una reducción paulatina de la agrobiodiversidad, alteración en el comportamiento de los componentes bióticos y abióticos, como la fauna de los suelos, el ciclaje de nutrientes y cambios en las propiedades físico-químicas de los mismos, lo cual se refleja en la degradación paulatina del paisaje y territorio, con graves consecuencias en la calidad de vida de las familias de agricultores que habitan esta región y, en el deterioro de bienes naturales como suelo, agua, ambiente, biodiversidad que afecta tanto lo local, como regional y territorial, tanto en términos ambientales como sociales, económicos y políticos. Es urgente planificar estrategias para contrarrestar esta situación de deterioro, cada vez más evidente. Una de las herramientas para promover la recuperación de la agrobiodiversidad como componente ligado íntimamente a la restauración y conservación de los bienes naturales y de la agricultura familiar, es la valoración, de la diversidad vegetal y de la fauna edáfica, así como las condiciones físico-químicas de los suelos. Según Altieri y Nichols (2007), la promoción de la biodiversidad en agroecosistemas es la estrategia clave en el re-diseño predial, ya que una mayor diversidad en el sistema agrícola conlleva a una mayor diversidad de biota asociada; asegura una mejor polinización y una mayor regulación de plagas, enfermedades y arvenses; mejora el reciclaje de nutrientes y energía. No sólo existe una estrecha relación entre la diversidad, abundancia y distribución de poblaciones edáficas con la diversificación temporal y espacial de la vegetación (Peredo et al., 2009; Cabrera et al., 2011), sino que a su vez, la diversidad que se presenta arriba y abajo del suelo está íntimamente relacionada con la calidad del mismo (Altieri y Nichols, 2007 y Sánchez de P. et al., 2012), es decir, que la biodiversidad que se expresa arriba de un agroecosistema complejo, tiene su expresión abajo, en el suelo (Sánchez de P. et al. 2012), y que tanto especies vegetales como comunidades edáficas, evidencian las condiciones físicas y químicas del suelo que habitan. Existen indicadores que brindan información útil para realizar seguimiento a los efectos del manejo de los sistemas agrícolas sobre la diversidad vegetal y la funcionalidad del suelo durante un periodo de tiempo (Karlen et al. 2003). Algunos indicadores vegetales funcionales han mostrado que, así como prácticas agronómicas inadecuadas afectan los servicios ecosistemicos, también determinan las respuestas de las plantas a factores ambientales, como la variación del clima y diversos disturbios como erosión masiva del suelo, sequías, entre otros. Con referencia al suelo, investigadores como Navarrete et al. (2011), sugieren que varias propiedades del suelo cambian en respuesta a los cambios en prácticas de manejo y uso del suelo, y que la sensibilidad de los indicadores de cambio de la calidad del suelo puede variar considerablemente en escala espacial y temporal, de allí la necesidad de buscar aquellos más sensibles que reflejen cambios que ocurren a corto, mediano y largo plazo. En la medida que se genere más información sobre las relaciones entre biodiversidad y calidad del suelo, mayores elementos se tendrán para mejorar la sustentabilidad de los agroecosistemas y la conservación de los bienes naturales, de cara al futuro (Altieri y Nicholls 2007). Esta investigación diseñada bajo principios de investigación acción participativa, busca contribuir al conocimiento de los caracteres funcionales de la flora y del suelo en agroecosistemas bajo diferente manejo agronómico, mediante indicadores sensibles a los cambios que permitan a la comunidad de agricultores que participan, una lectura de lo que está sucediendo en sus fincas y generar estrategias de cambio.