El caucho natural (Hevea brasiliensis) es un árbol tropical utilizado a nivel comercial para la producción de latex a partir del cual se generan más de 40.000 productos. Sin embargo, el ataque por el hongo Microcyclus ulei responsable del mal suramericano de la hoja del caucho o SALB por sus siglas en inglés, causa retrasos y pérdidas importantes en el cultivo, disminuyendo la producción del látex. Actualmente se está trabajando en la obtención de clones de caucho con resistencia durable a la enfermedad, que involucran el uso de herramientas moleculares para su desarrollo. En esta investigación se usó tecnología de secuenciación de alto rendimiento RNA-Seq para analizar la expresión diferencial de los transcriptomas del clon FX 3864 a las cero y 48 hpi con el aislamiento GCL012 de M. ulei. Un total de 158.134.220 lecturas fueron ensambladas, mediante la estrategia de novo 90.775 contigs con un N50 1672 fueron obtenidos y mediante la estrategia de referencia 76.278 contigs con un N50 1324. Se identificaron 86 genes expresados diferencialmente asociados a la respuesta de defensa de FX 3864 frente a GCL012. Siete genes con función putativa de la superfamilia AP2/ERF dependientes de etileno se encontraron sub-expresados. El aumento del ácido salicílico (AS) se asoció tanto a la sobre-expresión de tres genes involucrados en síntesis y remodelación de pared como a la sub-expresión de gen putativo CPR-5. La respuesta de defensa de FX 3864 al aislamiento GCL012 fue asociado a las rutas antagónicas del AS y etileno (ET)/ ácido jasmónico (AJ) respuesta característica de la resistencia de plantas a patógenos biotróficos.