Estudios recientes demuestran que los embalses pueden almacenar y emitir Carbono a la atmósfera sin considerar las magnitud de estos flujos dentro de los balances globales del IPCC (Tranvik et al., 2009; Guérin et al., 2006). Teniendo en cuenta lo anterior, se ha empezado a cuestionar la energía hidroeléctrica, inicialmente considerada una energía limpia, como fuente importante de Gases de Efecto Invernadero (GEI) (Liu et al., 2011). En efecto, se ha llegado demostrar, aun con incertidumbres considerables, que estos sistemas constituyen una importante fuente de CO2, CH4 y de origen antrópico (Abril et al., 2005; Guérin et al., 2006; Huttunen et al., 2002), debido principalmente a los procesos de descomposición de la Materia Orgánica (MO) que es inundada (Guérin et al., 2008a). Diversos estudios han demostrado que las retenciones de estos sistemas son fuentes de CO2 y CH4 para la atmósfera, bien sea en zona boreal, intermedia o tropical. Particularmente, a escala global, se sabe que las emisiones de CO2 y CH4 a partir de embalses pueden contribuir en 4% y 12% respectivamente de las emisiones provenientes de estos sistemas (St. Louis et al., 2000 y Lima et al., 2008). Según Lima et al. (2008), el 90% de estas emisiones de CH4 serían producidas en embalses tropicales. Hasta hace poco, las emisiones de GEI generadas en embalses no habían sido incluidas dentro de los balances globales del ciclo del carbono desarrollados por el IPCC, así como tampoco se tenían en cuenta en los inventarios de emisiones de origen antrópico (IPCC-2006, 2006). De ahí, que existan importantes iniciativas a nivel mundial de estudiar y documentar los procesos que ocurren al interior de estos sistemas, y que están al origen de estas emisiones. Con esta información será posible establecer una mejor comprensión del ciclo del carbono tanto a escala local como global. De esta manera, a través de esta propuesta, se busca contribuir de forma directa con tales iniciativas, a partir de generación de información adicional sobre el estudio de las emisiones de GEI en embalses de Colombia, con el caso particular del embalse de Calima, un embalse de montaña ubicado en el departamento del Valle del Cauca. Este estudio será, en consecuencia, complementario a programas de investigación en curso liderados por la Universidad Nacional de Colombia Sede Palmira y el IRD de Francia sobre estos tipos de hidrosistemas en Colombia. En síntesis, la estimación del almacenamiento de carbono en el sistema que se pretende estudiar está sujeta a grandes incertidumbres, pues hasta el momento, únicamente este tipo de estudios se han realizado de manera completa en embalses en ambientes estacionales, o están en curso de estudio por los entidades antes mencionadas en Colombia; pero, de manera general, este componente del ciclo del carbono bajo condiciones tropicales se encuentra aún mal documentado. Todo esto sugiere que la acumulación de carbono en el fondo de los reservorios hidroeléctricos y su potencial contribución a la producción de CO2 y CH4 no pueden seguir siendo despreciados en el análisis del balance de carbono de embalses y represas.