Durante las últimas dos décadas el término “salud de ecosistemas” ha sido usado en la literatura con una frecuencia que va en aumento (Xu et al., 1999). El concepto de salud aplicado al ámbito de los ecosistemas, de acuerdo con Zhenghua et al (2010) fue introducido por Leopold (1941). A través del tiempo se han propuesto diferentes definiciones, una de las más usadas es la de Costanza (1992), quien resume la definición conceptual de la salud de los ecosistemas de la siguiente manera: (1) la homeostasis, (2) la ausencia de enfermedad, (3) la diversidad y complejidad, (4) la estabilidad o resiliencia, (5) el vigor y la capacidad de crecimiento y (6) el equilibrio entre los componentes del sistema. Las bahías de Buenaventura y Tumaco, reciben una serie de impactos ambientales por sus condiciones específicas. Dado los altos costos de los monitoreos in situ, es necesario aplicar técnicas que disminuyan los costos y que presenten una buena confiabilidad. Dado lo anterior se propone utilizar métodos relacionados con Sensores Remotos y Sistemas de Información Geográfica para estimar la salud ambiental de las bahías de Buenaventura y Tumaco.