La OMS define la medicina tradicional como “la suma total de conocimientos, destrezas y prácticas basadas en las teorías, creencias y comunidades experiencias de indígenas de diferentes culturas, explicables o no, usadas para mantener la salud, así como en la prevención, diagnóstico, mejora o tratamiento de enfermedades físicas y mentales”. La Medicina tradicional se basa en terapias con y sin medicación. Para las basadas en medicación, las plantas y los productos derivados de estas, son los agentes mayoritariamente empleados, debido a su amplio reconocimiento como sustancias con menos efectos secundarios. El uso de estas alternativas terapéuticas está ampliamente difundido y arraigado en países en vías de desarrollo para satisfacer sus necesidades sanitarias. Asimismo, se observa un incremento en el uso de plantas medicinales por parte de los países desarrollados. Debido al aumento en el consumo de este tipo de sustancias, la OMS ha propendido por el uso racional de las plantas medicinales y los productos basados en estas, buscando validar su uso y evidenciando las actividades acciones farmacológicas, su seguridad y la calidad de los mismos. Para el caso de Colombia, el empleo de plantas medicinales, representa una parte fundamental en el cuidado de la salud. Una de las especies que muestra un mayor volumen de comercialización con fines terapéuticos es Valeriana officinalis. De esta especie, aprobada por la comisión revisora de producto fitofarmacéuticos del Invima, se emplea el rizoma y la raíz, y está indicada como sedante, ansiolítica y para trastornos del sueño. Adicionalmente, en las plazas de mercado bogotanas donde se comercializan plantas medicinales, la especie Valeriana pavonii , también aprobada para la producción de fitoterapéuticos, sustituye en muchos casos a V. officinalis, incluso superando su consumo. Teniendo en consideración la importancia de V. pavonii en el ámbito nacional, el presente trabajo busca establecer parámetros microscópicos y químicos que permitan diferenciar ambas especies, generando así información que conduzca a definir su calidad, eficacia y seguridad.