En Colombia el aprovechamiento de peces ornamentales se realiza con fines de exportación desde la década de 1950, hoy pasados más de 50 años, no existe un conocimiento biológico y ecológico claro de este recurso que permita un aprovechamiento sostenible (Mancera y Álvarez 2008). La pesca ornamental es una actividad importante del país no solo por el comercio internacional, sino que también constituye una fuente de ingresos importante para las comunidades indígenas, rurales y costeras. Colombia es uno de los principales exportadores de especies ornamentales de peces a nivel Latinoamericano (UNCTAD, 1999), se considera que el país recibe aproximadamente 7 millones de dólares al año por esta actividad (Proexport 2012) sin embargo, la mayoría de las exportaciones de peces corresponden a capturas realizadas en su hábitat natural. El Instituto Nacional de Pesca y Acuicultura (INPA) definio como peces ornamentales aprovechables comercialmente las especies de Otocinclus affinis y Otocinclus arnoldi (Biocomercio Sostenible,2002) pero la resolución 3532 del 2007 tiene permitido aprovechar seis especies de Otocinclus: Otocinclus huaorani, Otocinclus affinis, Otocinclus macrospilus, Otocinclus vestitus, Otocinclus vittatus, y Otocinclus flexilis, sin embargo a nivel de exportación salen con el nombre de Otocinclos. Este género presenta una gran similitud morfológica y gama de colores intra e inter de las especies (Lehmann 2006), razón por la cual además de las técnicas tradicionales de identificación (características morfométricas), se requiere utilizar técnicas modernas moleculares de caracterización de las especies que contribuyan a determinar las relaciones genéticas entre ellas, esté trabajo tiene como objetivo caracterizar por medio de morfología geométrica y con ayuda de marcadores moleculares RAM´s la diversidad genética de las especies de otocinclos y su relación filogenética entre especies por medio de regiones de genes mitocondriales COI con el fin de afianzar los conocimientos sobre esta especies nativa y realizar un manejo apropiado para los animales y su conservación.