Aun cuando la efectividad de las estrategias de conservación y sostenibilidad de los recursos pesqueros del Archipiélago depende en buena medida de la estructura poblacional de la especie, existe un desconocimiento del número real de stocks genéticos reproductivamente aislados. Actualmente los modelos de manejo suponen la existencia de stocks genéticos únicos por especie, pero esta suposición no parece ser concordante con las condiciones oceanográficas de la zona, las cuales podrían restringir el flujo genético entre algunos sitios y por consiguiente estructurar las poblaciones en diferentes stocks. Con el ánimo de contribuir a la identificación de stocks de recursos pesqueros en el Caribe insular colombiano, en este trabajo se pretende evaluar y/o desarrollar marcadores moleculares que permitan estimar el grado de estructuración genética de las poblaciones naturales del bonito Thunnus atlanticus en el Archipiélago. Este trabajo constituye una etapa previa para evaluar el estado actual de las especies en términos de diversidad y elaborar programas de manejo y conservación más coherentes que contribuyan a la preservación de este importante recurso pesquero.