En esta investigación se propone el análisis de los efectos del cambio climático en la incidencia de malaria en Colombia, por medio del modelamiento matemático. Para esto se propone el desarrollo de una herramienta utilizando la dinámica de sistemas, para representar las interacciones entomológicas, ecológicas y climáticas que conducen a los brotes epidémicos de malaria en una región endémica del territorio colombiano. La herramienta propuesta pretende ayudar al entendimiento de los múltiples factores relacionados con la ocurrencia de malaria, mas no al pronóstico de la ocurrencia de la enfermedad. El modelo será calibrado para una región particular de Colombia, de tal manera que se puedan evaluar diferentes tipos de políticas de control de la malaria, ante distintos escenarios de cambio climático para Colombia, como una contribución al diseño de estrategias de adaptación al cambio climático. Proponemos que el modelo desarrollado sirva como apoyo al diseño de políticas de adaptación al cambio climático y al establecimiento de campañas de control, disminución y erradicación de este problema de salud pública en el territorio colombiano, con amplio beneficio para las comunidades afectadas por la enfermedad.