El arroz es el más importante de los cultivos de ciclo corto en Colombia. Es el segundo cultivo más importante en términos de área sembrada con alrededor de 460.000 Ha para el año de 2005 (Espinal et al. 2005). El cultivo intensivo de arroz en los últimos treinta años en Colombia, especialmente en las zona Centro y de los Llanos Orientales, ha conducido a un deterioro constante de las propiedades físicas y químicas de los suelos. Tal deterioro es evidente por los niveles de producción actuales en lotes de 10 y 20 años de uso donde escasamente se alcanzan los 1900 Kg/ha, mientras que lotes nuevos usando practicas agrícolas similares, logran producciones de alrededor a 5800 Kg/ha (Fedearroz, 2000). Estas diferencias se producen por el desgaste del suelo, asociado a algunas practicas agrícolas ejecutadas dentro del sistemas de producción tradicional de arroz en Colombia. Dentro de estas practicas, vale la pena mencionar los efectos generados por el uso de la labranza intensiva, la cual ha llevado a problemas de sellamiento, compactación, adensamiento y erosión del suelo. Desafortunadamente, en Colombia son muy pocos los productores que realizan un diagnóstico inicial de las propiedades biológicas de los suelos que van a explotar y mucho menos un constante seguimiento de sus cambios en cada ciclo de cultivo (Corpoica, 1998). Por tal razón en el presente trabajo nos hemos propuesto determinar las propiedades biológicas de 30 fincas productoras de arroz de los departamentos de Tolima y Meta provenientes de sistemas de producción de riego y secano. Con esto pretendemos estimar las condiciones de la calidad y salud de los suelos en estudio. Así mismo se establecerán las recomendaciones necesarias para llevar a cabo un análisis de calidad microbiológica de suelo con el objeto de proponer las pautas para el diagnóstico de calidad de suelos en cultivos de arroz que permita reducir costos ambientales y económicos en su producción y finalmente se realizara una colección de microorganismos funcionales que podrán ser empleados en el diseño de enmiendas microbianas útiles para la restauración de los suelos de cultivo.