Los métodos de nueva generación para la secuenciación de genomas se han convertido en una herramienta indispensable para comprender la estructura genética de los microorganismos. En Colombia, el nivel de conocimiento que se tiene sobre fitopatógenos de importancia económica en cultivos agrícolas es muy limitado, a pesar de que el sector agrícola sigue jugando un papel fundamental para el desarrollo económico del país. Uno de los productos fundamentales para garantizar la seguridad alimentaria de Colombia y un gran generador de empleo rural es el frijol (Phaseolus vulgaris). En esta propuesta se plantea utilizar las herramientas de secuenciación de nueva generación (NGS) como base para complementar los estudios de diversidad genética, detección asintomática y relaciones patogénicas de la roya del frijol Uromyces appendiculatus. Esta propuesta se presenta como un modelo de integración científica de los grupos de Biotecnología microbiana y vegetal de la sede Medellín, con miras a la solución de problemas del sector agrícola del país. Finalmente, se plantea establecer una alianza estratégica con el recientemente creado Centro Nacional de Secuenciación Genómica- CNSG, de la Universidad de Antioquia, para la ejecución de esta propuesta y el planteamiento de proyectos conjuntos de investigación.