La vainilla (Vanilla planifolia Andrews) es una planta nativa de América tropical cuyo cultivo se ha venido incrementando recientemente. El cultivo de vainilla, con destinación a los mercados de fragancias y saborizantes, ofrece una alternativa promisoria para la diversificación de cultivos en sistemas agroforestales para pequeños y medianos agricultores. El uso de la propagación vegetativa en este cultivo ha resultado en muy bajos niveles de diversidad genética, y el cultivo es susceptible a varias plagas y enfermedades mundialmente. A pesar de su importancia económica como cultivo tropical, la investigación sobre la fitopatología, y el mejoramiento de este cultivo es limitada. El neo-trópico representa el centro de diversidad del clado fragrante del género Vanilla. Especies parientes silvestres representan unos recursos fitogenéticos de alta importancia para el mejoramiento del cultivo. Adicionalmente, la comunidad microbiana asociada con estas plantas en la naturaleza ofrece una fuente potencial de agentes antagonistas para control biológico de patógenos. Este proyecto propone hacer una caracterización definitiva de esta diversidad, tanto de los recursos fitogenéticos, como de los microbianos. Se hará una caracterización de la microbiota naturalmente asociada a las vainillas colombianas, usando métodos tradicionales y moleculares. Se prestará especial atención a los microorganismos endófitos y epífitos, incluyendo las micorrizas. Interacciones antagonistas entre esta microbiota y los patógenos más importantes serán evaluadas. Se desarrollara un sistema de pruebas diagnosticas moleculares para facilitar la identificación tanto de los patógenos como los agentes antagonistas. Igualmente se desarrollará pruebas diagnosticas moleculares para facilitar la identificación de especímenes estériles de los especies de Vanilla silvestres. El objetivo del programa es posicionar el Grupo de Investigación En Orquídeas y Ecología Vegetal como el primer grupo de investigación de la diversidad de Vainilla y su microbiota asociada en su centro de diversidad del neo-tropico.