Proyectos
CARACTERIZACIÓN GENÓMICA DE CEPAS COLOMBIANAS DE Providencia rettgeri PRODUCTORAS DE METALOBETALACTAMASAS AISLADAS DURANTE EL PERÍODO 2012 – 2015.
Resumen
Las Infecciones Asociadas a la Atención de la Salud (IAAS), son una de las principales causas de morbilidad y mortalidad a nivel mundial, considerándose como un problema de interés en salud pública (37,38). En los últimos años, se ha documentado a nivel mundial la circulación de microorganismos con patrones complejos de multirresistencia debido a la aparición de cepas productoras de metalobetalactamasas (MBLs), un tipo de carbapenemasas que ocasiona resistencia a todos los antibióticos betalactámicos. Ante este hallazgo, la Organización Mundial de la Salud (OMS) y la Organización Panamericana de la Salud (OPS), han enfatizado en la importancia de la vigilancia y detección de este mecanismo de resistencia (1-2). En Colombia, se describieron por primera vez, cepas productoras de MBLs portadoras del gen blaNDM en el año 2012 (5), las cuales, se han reportado con una alta frecuencia en diferentes hospitales del país, siendo causantes de brotes epidémicos (6). En Latinoamérica, entre los principales microorganismos portadores MBLs tipo blaNDM se encuentra con especial relevancia Providencia rettgeri (6,7), responsable de infecciones asociadas a vías urinarias y otras IAAS (16). Objetivo General: Identificar las características genómicas de cepas colombianas de Providencia rettgeri productoras de metalobetalactamasas (MBLs) aisladas durante el período 2012 – 2015. Objetivos Específicos:1) Tipificar los genomas completos de cepas colombianas de P. rettgeri productoras de metalobetalactamasas (MBLs). 2) Establecer y comparar las características genómicas de cepas colombianas de P. rettgeri productoras de metalobetalactamasas (MBLs). 3) Identificar los genes asociados a resistencia de cepas colombianas de P. rettgeri productoras de metalobetalactamasas (MBLs). 4) Correlacionar las características genómicas y microbiológicas de las cepas de P. rettgeri productoras de metalobetalactamasas (MBLs). Metodología: Se incluirán 20 aislamientos de P. rettgeri portadores del gen blaNDM que se encuentran en el cepario del Laboratorio de Microbiología del Instituto Nacional de Salud, los cuales hacen parte del programa de Vigilancia de Resistencia Antimicrobiana en IAAS correspondientes al período de 2012-2015. Se realizarán los perfiles de sensibilidad a antibióticos, por el método de difusión en disco Kirby-Bauer, acorde con los criterios establecidos por el Instituto de Normas Clínicas y de Laboratorio (CLSI, Clinical and Laboratory Standards Institute) reportados anualmente (24). La tipificación molecular de las muestras se llevará a cabo utilizando la técnica Rep-PCR (25) y la herramienta bioinformática MLST 1.8-DTU (Mutilocus Sequence Typing) (26). El DNA de los aislamientos seleccionados será obtenido y purificado utilizando un kit comercial. Las librerías serán construidas y la secuenciación del genoma completo, se realizará utilizando el secuenciador de nueva generación (NGS) – Illumina (Hiseq2000). Las secuencias serán ensambladas utilizando diferentes herramientas bioinformáticas y el proceso de anotación automática de los genes se realizará con el software PROKKA (33). Los resultados se almacenarán en una base de datos MySQL implementada con este propósito.Resultados esperados: Tras el desarrollo de este proyecto de investigación se espera caracterizar y comparar las características genómicas de cepas colombianas de P. rettgeri productoras de MBLs. A su vez, se identificarán los genes involucrados en la resistencia antibiótica. Estos datos serán de gran interés, ya que, nos permitirán sugerir estrategias para el mejoramiento de los protocolos relacionados con la prevención, diagnóstico, seguimiento y uso adecuado de la terapia antibiótica (15,39). Así mismo, permitirán hacer un seguimiento epidemiológico de las cepas circulantes a nivel de Colombia y de esta forma extrapolar los datos a nivel de Latinoamérica contribuyendo al fortalecimiento de los sistemas de vigilancia activos.
Convocatoria
Nombre de la convocatoria:CONVOCATORIA NACIONAL DE PROYECTOS PARA EL FORTALECIMIENTO DE LA INVESTIGACIÓN, CREACIÓN E INNOVACIÓN DE LA UNIVERSIDAD NACIONAL DE COLOMBIA 2016-2018
Modalidad:Modalidad Única
Responsable