La producción lechera en Colombia es una de las principales actividades agropecuarias participando activamente del producto interno bruto tanto agropecuario como total y generando gran cantidad de empleos directos e indirectos. La eficiencia de los sistemas de producción lecheros se basa en el volumen de leche producido y la eficiencia reproductiva. La baja eficiencia reproductiva aumenta los costos de producción y disminuye las utilidades al disminuir la proporción de vacas que se encuentran en el primer tercio de lactancia y por ende el volumen de leche que se podría obtener. Debido a la baja heredabilidad de las características reproductivas no es posible obtener grandes avances al implementar programas clásicos de mejoramiento genético por lo cual es necesario implementar diversas biotecnologías como la selección asistida por marcadores moleculares. El objetivo de esta investigación es determinar la estructura genética de una población Holstein de Antioquia a partir de los polimorfismos de los genes de inhibina alfa (INHA) y receptor de la hormona folículo estimulante (FSHR) y determinar su asociación con parámetros reproductivos de importancia económica como el intervalo entre partos, el número de servicios por concepción entre otros. Para esto se analizarán muestras de ADN de 300 vacas de raza Holstein pertenecientes a diferentes unidades de producción lechera del departamento de Antioquia, la genotipificación de los animales se hará mediante la técnica de PCR-RFLP. Las frecuencias alélicas y fenotípicas se evaluarán para determinar si estas se encuentran en equilibrio de Hardy-Weinberg. La diversidad genética se evaluará comparando la proporción de los diferentes genotipos dentro de las poblaciones mediante la heterocigosidad observada y la esperada. La estructura genética se calculará con lo estadísticos F de Wright con los parámetros F y Rho. La asociación de los polimorfismos de los genes INHA y FSHR con los parámetros reproductivos se hará utilizando un modelo lineal generalizado. Con este trabajo se espera identificar dos marcadores moleculares que contribuyan al mejoramiento genético de los parámetros reproductivos, con miras a lograr una mayor eficiencia y rentabilidad en las unidades de producción lechera lo cual beneficiará a las personas involucradas en esta cadena productiva.