Markea Rich. (tribu Juanulloeae) y Deprea Raf. (tribu Physaleae) son géneros neotropicales de Solanaceae con una confusa historia taxonómica, pobremente estudiados desde el punto de vista molecular. Markea comprende unas 15 a 17 especies de epífitas siendo Colombia el país más diverso en especies, con aproximadamente once taxones y cuatro endemismos. Actualmente existen dos propuestas de circunscripción para el género basadas en taxonomía tradicional y en estudios filogenéticos morfológicos. Ambas hipótesis difieren ampliamente en la circunscripción de Markea, por lo cual persisten interrogantes sobre los límites genéricos, monofilia y relaciones entre las especies. Por su parte, Deprea es un pequeño género de arbustos de ca. 12 especies, con el 60% de ellas representadas en Colombia y dos endemismos. Para este género, existen posiciones controversiales en cuanto a la delimitación genérica y se carece absolutamente de información sobre su biología molecular. Se propone realizar un análisis filogenético con base en las región waxy del genoma nuclear y trnL-F y ndhF del ADN del cloroplasto, analizando las secuencias bajo máxima parsimonia e inferencia bayesiana. Se incluirán en los análisis trece especies de Markea, once serán colectadas en Colombia, y dos más en Ecuador y Panamá, lo que representa alrededor del 80 % de las especies del género. Para Deprea, se analizarán las 6 especies colombianas y, en lo posible, las especies restantes en los países vecinos. Con este estudio se espera esclarecer la monofilia de estos géneros, las relaciones filogenéticas inter-genéricas, de las especies y la posición de aquellos taxones de dudosa inclusión o exclusión en Markea y Deprea. La propuesta de investigación se ejecutará en un período de 12 meses calendario, con un presupuesto a financiar de 40 millones de pesos colombianos. El proyecto incluye la participación del grupo Sistemática y evolución de Gimnospermas y Angiospermas neotropicales (SEGAN) del Instituto de Ciencias Naturales, Universidad Nacional de Colombia, con la línea de Investigación en Solanáceas y el Instituto Multidisciplinario de Biología Vegetal (IMBIV), Museo Botánico de Córdoba, Universidad Nacional de Córdoba, Argentina. ABSTRACT Markea Rich. (tribe Juanulloeae) and Deprea Raf. (tribe Physaleae) are neotropical genera of Solanaceae with a confuse taxonomical history, and poorly studied from a molecular point of view. Markea comprises ca. 15-17 species of epiphytes being Colombia very diverse in species with ca. eleven taxa and four endemisms. Currently, there are two proposals to circumscribe this genus, one based on traditional taxonomy and the other based on morphological phylogeny. Both hypotheses differ widely in the Markea circumscription; so many questions remain about the generic limits, monophyly and relationships among the species. In relation to Deprea, it is a small shrubby genus of ca. 12 species, growing the 60% of them in Colombia with two endemic species. For this latter genus, controversial positions also remain about its generic delimitation, and nothing is known on its molecular biology. A phylogenetic study is here proposed based on the nuclear DNA region waxy, the chloroplast DNA region trnL-F and ndhF, analyzing sequences of maximum parsimony and Bayesian inference. Thirteen species, eleven from Colombia, and two species from Panamá and Ecuador, which represent 80 % of the species in the genus, will be studied. It will also be studied the six Colombian Deprea species, and as far as possible the remaining species from the neighboring countries. With this proposal, the monophyly of both genera, the phylogenetic relationships of their species, and the probable inclusion or exclusion of the doubtful taxa in/from Markea or in/from Deprea, are expected to be achieved. This research is planned for twelve months, with a total budget of 40 millions of Colombian pesos. The Sistemática y evolución de Gimnospermas y Angiospermas neotropicales (SEGAN) group (Instituto de Ciencias Naturales, Universidad Nacional de Colombia) with the research branch on Solanaceae, and the Solanaceae research group from the Instituto Multidisciplinario de Biología Vegetal (IMBIV), Museo Botánico de Córdoba (Universidad Nacional de Córdoba, Argentina) are involved in this project.